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什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序?轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn)。無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別?如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列,且和該基因組序列比對(duì)效率較高,那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略,直接進(jìn)行分析。反之,則需要按照無參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝,構(gòu)建unigene庫,然后進(jìn)行后續(xù)分析。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。江蘇全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟:單細(xì)胞的分離和捕獲:溫和分離,稀有細(xì)胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增:RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA,捕獲效率10%(5-**NA測序需要1ngDNA,極限稀釋加移液分離單細(xì)胞;顯微操作分選單細(xì)胞;流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞;激光切割實(shí)體組織;微流控技術(shù);磁珠捕獲,主要用于CTC。它的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選(FACS,fluorescentactivatedcellsorting)根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測序。它的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖,提供另外一個(gè)維度的信息,可用于鑒定微孔中是否有損傷的細(xì)胞或雙份細(xì)胞,主要缺點(diǎn)是通量低且每個(gè)細(xì)胞所需的工作量相當(dāng)大。濟(jì)南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測多少錢轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需了解物種基因信息,能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢:相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達(dá)水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針,即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測,提供更精確的數(shù)字化信號(hào)、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強(qiáng)大工具。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個(gè)方面。
全轉(zhuǎn)錄組測序:狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA,但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,其中包含mRNA和非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA)。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA(以miRNA為表示),長鏈非編碼RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和環(huán)狀RNA(circularRNA,circRNA)上,而這幾類ncRNA的調(diào)控對(duì)象都和mRNA有關(guān)。因此,全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對(duì)以上四種ncRNA進(jìn)行測序,并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系。轉(zhuǎn)錄組學(xué)廣義上指在某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能:circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年,大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育、脅迫應(yīng)答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān),并預(yù)測其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景,但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結(jié)合位點(diǎn)來充當(dāng)miRNA海綿作用,阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用,進(jìn)而間接調(diào)控miRNA下游靶基因的表達(dá)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。濟(jì)南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測多少錢
普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。江蘇全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有:1、可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高,可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例,加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù),一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。江蘇全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析鑒定
上海拜譜生物科技有限公司是一家從事生物科技、醫(yī)療科技、化工科技和檢測科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),技術(shù)轉(zhuǎn)讓,技術(shù)咨詢,技術(shù)服務(wù),軟件開發(fā),化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)化學(xué)品,監(jiān)控化學(xué)品,煙花爆竹,民用物,易制毒化學(xué)品)、儀器儀表的銷售。。。....的公司,致力于發(fā)展為創(chuàng)新務(wù)實(shí)、誠實(shí)可信的企業(yè)。拜譜生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)。拜譜生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。拜譜生物始終關(guān)注自身,在風(fēng)云變化的時(shí)代,對(duì)自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使拜譜生物在行業(yè)的從容而自信。