西安10X單細胞測序服務公司

來源: 發(fā)布時間:2022-09-08

單細胞多組學帶來的突破不但改進了實驗過程,還幫助科學家在健康和疾病研究的關鍵領域取得新進展。那些過去從轉錄平均值或單項參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態(tài),到揭開疾病用藥應答和耐藥的潛在機制,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學和醫(yī)療。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。西安10X單細胞測序服務公司

所謂的高通量測序技術,又名大規(guī)模平行測序,是將DNA(或者cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號,獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法(Sanger法等)相比,高通量測序技術在處理大規(guī)模樣品時具有明顯的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克?。蔀槟壳敖M學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統(tǒng)的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規(guī)劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經(jīng)開始了,從銷售到實驗到專業(yè)技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。上海二代測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復雜疾病研究的測序。

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。

對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cellcluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。

針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。天津高通量測序單細胞測序多組學測序

強勢發(fā)文!烈冰單細胞測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。西安10X單細胞測序服務公司

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫,從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應容器中。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構建新一代測序文庫,從而能夠對每個細胞的整個轉錄組進行基因表達測定。西安10X單細胞測序服務公司

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