杭州空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)

來源: 發(fā)布時間:2022-09-05

烈冰科技作為國內(nèi)同時擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺的測序服務(wù)商及云計算服務(wù)供應(yīng)商,經(jīng)過多年實戰(zhàn),擁有豐富的單細(xì)胞懸液制備和分選經(jīng)驗,實測BDRhapsody對能夠高效捕獲粒細(xì)胞。針對不同的分選平臺、建庫方法,實戰(zhàn)總結(jié)搭建出不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)平臺能有效支撐生命科學(xué)研究、醫(yī)療健康等領(lǐng)域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求。完備的高通量測序?qū)嶒炂脚_,包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等,配合一支來自海內(nèi)外名校、多學(xué)科交叉型的高素質(zhì)綜合團(tuán)隊,為您的科學(xué)研究保駕護(hù)航。空間轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,揭示精細(xì)病理區(qū)域的信號通路。杭州空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,烈冰依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)和解決方案。烈冰經(jīng)過十幾年的經(jīng)歷,已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。成都高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)提供了空間轉(zhuǎn)錄組水平下的科學(xué)研究視角。

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴(kuò)增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標(biāo)記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團(tuán),用于區(qū)分ATCG;2)3端使用疊氮基團(tuán)封閉,保證一次循環(huán)只上一個dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團(tuán)和疊氮基團(tuán),開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略:1、基于組學(xué)實驗結(jié)合空間重建的計算策略這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢,從單個細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測序結(jié)合的策略基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,盡管其通量很低,但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細(xì)胞位買的多路復(fù)用條形碼策路可行之前,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成組織的巨大背景中,可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細(xì)胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀(jì)元。

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Spatial Transcriptomics)是指在組織切片上完成,保留樣本空間信息的組學(xué)研究??臻g轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,揭示精細(xì)病理區(qū)域中激發(fā)的信號通路,完成分子特征驅(qū)動病理特征的機(jī)制解析。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的技術(shù)革新,對于診斷標(biāo)志物、耐藥位點以及靶向藥物的研發(fā),免疫治等新興領(lǐng)域都具有重要作用。當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時,通過透化處理,細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機(jī)測序,可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。寧波空間轉(zhuǎn)錄組

個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學(xué)測序要求。杭州空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。杭州空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)

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