西安10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-31

單細(xì)胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定?烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn),100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系,確保單細(xì)胞的獲得。凍存樣本無法實(shí)驗(yàn),珍貴樣本無法使用?烈冰采用國(guó)際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。珍貴樣本,細(xì)胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細(xì)胞?采用國(guó)際認(rèn)可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺(tái)模式,根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少,背景雜也能做單細(xì)胞。單細(xì)胞RNA分類精度不足,部分細(xì)胞無法細(xì)分?烈冰同時(shí)采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測(cè),確保超高的細(xì)胞分類精度。烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際期刊研究文章發(fā)表。西安10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會(huì)存在一些問題。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí),如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細(xì)胞懸液體積勢(shì)必增加,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性5%、結(jié)團(tuán)率均>5%)的情況下,引入的背景信號(hào)會(huì)增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fractionreadsincells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí),會(huì)使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí),多細(xì)胞率會(huì)增加,數(shù)據(jù)分析時(shí),此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測(cè)數(shù)和UMI檢測(cè)數(shù)是正常cell的N倍(N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(單個(gè)細(xì)胞基因檢測(cè)中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測(cè)中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,但是容易會(huì)有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測(cè)細(xì)胞的人為去除!天津10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序豐富的測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。

FluidigmC1平臺(tái)作為應(yīng)用于單細(xì)胞測(cè)序(SingleCellRNASequencing)領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù),基于富魯達(dá)(Fluidigm®)的微流控技術(shù),大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞,進(jìn)行各類的Single-Cell測(cè)序建庫。當(dāng)然,通量還是比較小。但不可否認(rèn)的是,現(xiàn)在很多非RNA類SingleCell測(cè)序,仍然在采用這樣的技術(shù),如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術(shù)進(jìn)行單細(xì)胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10X和BD,或者其他企業(yè)推出有效的SingleDNA測(cè)序技術(shù)之前,C1仍然會(huì)是市場(chǎng)上的重要組成部分。

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測(cè)序文庫,從而測(cè)定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá)。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),并通過熒光測(cè)定表達(dá)水平。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析。然而,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,確保來自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測(cè)序文庫,從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測(cè)定。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測(cè)序服務(wù)。

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來說,都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托RandomCellLabel技術(shù),使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(jì)(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,顯示無影響。單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型。長(zhǎng)春10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序

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10X Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是利用單細(xì)胞水平上的高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),也是目前國(guó)內(nèi)和國(guó)際上公認(rèn)的單細(xì)胞測(cè)序大規(guī)模實(shí)驗(yàn)平臺(tái)技術(shù),該平臺(tái)基于動(dòng)態(tài)微流控原理,突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性,組織解離后,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞, 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫測(cè)序,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性,提供足夠靈活的定制測(cè)定法以滿足多種實(shí)驗(yàn)需要,并有效縮短實(shí)驗(yàn)是時(shí)間和降低測(cè)序成本。西安10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

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