烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

來源: 發(fā)布時間:2022-08-30

已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大,或是存在有效測序深度不足等問題。10xGenomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標準方法中,從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學相關(guān)信息??臻g轉(zhuǎn)錄組測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù),包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟,為您提供無憂服務(wù)。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進實驗平臺,并制定嚴格規(guī)范的實驗室SOP,經(jīng)過大量的切片、貼片實操演練,對不同類型組織的切片厚度、溫度進行優(yōu)化,確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺,搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程,準確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序,通過單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析,判定空間區(qū)域內(nèi)的細胞類別,精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息。重慶BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)烈冰開展了空間轉(zhuǎn)錄組、單細胞多組學以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。

空間轉(zhuǎn)錄組測序是在組織原位檢測全轉(zhuǎn)錄組基因表達的?種技術(shù),可以展?組織切?中不同區(qū)域的基因表達情況,同時能夠得到?的基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。與傳統(tǒng)的全基因轉(zhuǎn)錄組或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相?,空間轉(zhuǎn)錄組測序漿病理影像(H&E染?)與測序數(shù)據(jù)映射在?起,進?可以分析組織切內(nèi)部空間結(jié)構(gòu)的細胞異質(zhì)性。常規(guī)單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息,而單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境,將成為發(fā)育生物學、神經(jīng)生物學、免疫生物學等領(lǐng)域的研究利器。十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域的佼佼者。

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區(qū)分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環(huán)只上一個dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應(yīng)并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。烈冰一站式多平臺測序服務(wù):立足科學研究,解碼生命本質(zhì)。寧波上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表空間轉(zhuǎn)錄組測序文章近20篇。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

空間轉(zhuǎn)錄組測序在病理學中,通過添加基因表達維度,得出形態(tài)學結(jié)論,通過觀察基因表達區(qū)域,了解可能發(fā)生假陰性/假陽性的位置; 在免疫學,研究免疫細胞浸潤、不同區(qū)域的免疫細胞中的基因表達特征;免疫群體擴散、不同類型免疫細胞的空間位置解析; 在神經(jīng)科學,研究大腦皮層層狀組織解析,揭示大腦皮層的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系,正常vs.疾病大腦結(jié)構(gòu)特征分析與疾病相關(guān)的基因表達于特定的大腦皮層; 在發(fā)育生物學,通過解析每個發(fā)育階段不同解剖區(qū)域特有的基因表達特征,解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因;豐富基因表達的空間注釋信息,創(chuàng)建組織發(fā)育的空間細胞圖譜。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序價格

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