為什么需要單細(xì)胞分辨率?生物學(xué)就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜,有許多獨(dú)特的單體,也就是細(xì)胞。這些細(xì)胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動(dòng)多個(gè)過(guò)程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發(fā)現(xiàn)和定義這些細(xì)胞也需要高分辨率的工具,才能解開(kāi)促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達(dá)異質(zhì)性。單細(xì)胞測(cè)序能夠在以一個(gè)細(xì)胞為功能單位中開(kāi)展生物學(xué)研究,闡明具體細(xì)節(jié),構(gòu)建出一幅更大、更精細(xì)的圖譜,說(shuō)明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細(xì)胞之間是如何相互作用的:患者為什么會(huì)復(fù)發(fā)?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問(wèn)題。單細(xì)胞測(cè)序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測(cè)序技術(shù)的“天花板”。廣州高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析
二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測(cè)序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測(cè)序儀。Illumina的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步:樣品文庫(kù)構(gòu)建、簇生成、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長(zhǎng)限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來(lái)源;2)Adapter,用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn);3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng)。
南昌單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測(cè)序服務(wù)。
關(guān)于單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)樣本制備,這與流式細(xì)胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過(guò)酶促或機(jī)械消化、細(xì)胞分選或其他細(xì)胞分離技術(shù)從整個(gè)樣本中制備生成活的單細(xì)胞懸液。隨后是細(xì)胞計(jì)數(shù)和質(zhì)量控制步驟,以確保您的樣本有適當(dāng)濃度的活細(xì)胞,并且不含細(xì)胞團(tuán)塊和死細(xì)胞碎片。如有必要,您還可以使用抗體對(duì)樣本進(jìn)行染色,標(biāo)記細(xì)胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通過(guò)FACS來(lái)富集感興趣的細(xì)胞類型。解離樣本時(shí)采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)而定。也許需要額外的制備步驟,具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度、細(xì)胞大小,以及是否需要提取出細(xì)胞核進(jìn)行染色質(zhì)可接近性分析。無(wú)論具體的考慮因素如何,所有樣本類型都遵循同一個(gè)基本原則,那就是生成高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液。
關(guān)于10XGenomics單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類型和樣本制備:10X平臺(tái)在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無(wú)細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,且細(xì)胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10XGenomics平臺(tái)兼容。一般來(lái)說(shuō),細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來(lái)源和細(xì)胞類型而變化。每種組織類型都是獨(dú)特的,因此,必須在開(kāi)始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn),累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。個(gè)性化制定測(cè)序項(xiàng)目方面,滿足從檢測(cè)基因到蛋白的多組學(xué)測(cè)序要求。
烈冰科技專注為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時(shí)代、基因測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序時(shí)代...在科技日新月異的洪流中始終獨(dú)占鰲頭。2018年以來(lái),單細(xì)胞測(cè)序進(jìn)入發(fā)展的快車(chē)道,烈冰作為國(guó)內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)雙平臺(tái)的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)和解決方案。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚(yú)、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗(yàn)。烈冰專研單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)
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