深圳BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

來源: 發(fā)布時間:2022-08-22

單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)是在單細(xì)胞分辨率下精確分析細(xì)胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù),提供了全新的視角來分析細(xì)胞的分化路徑、細(xì)胞間的交互調(diào)控和細(xì)胞亞群的分離現(xiàn)象。轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)的差異賦予了組織內(nèi)同樣基因組背景下的單個細(xì)胞的功能特異性。單個細(xì)胞的組學(xué)變化決定了組織的功能狀態(tài),因此,闡明組織的細(xì)胞異質(zhì)性是破譯生理功能和病理演變的關(guān)鍵。然而,以bulkRNA測序等為**的傳統(tǒng)方法掩蓋了細(xì)胞的異質(zhì)性,細(xì)胞組學(xué)變化的平均水平。近10年來,單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)應(yīng)運而生,實現(xiàn)了在單細(xì)胞分辨率下研究分子的變化規(guī)律。烈冰生物首批引進(jìn) Chromium X 平臺,開啟百萬級通量單細(xì)胞測序新時代。深圳BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

機體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。南京single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化單細(xì)胞組學(xué)通過一系列測序技術(shù)實現(xiàn)高分辨檢測單個細(xì)胞水平表達(dá)譜,以解析細(xì)胞異質(zhì)性及其功能表型。

相對于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,BD和10X這兩個平臺普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1-6K不等的測序細(xì)胞量,這個量級的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托RandomCellLabel技術(shù),使得其對于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,顯示無影響。

BD的技術(shù)不再采用利用微流控孔道射出細(xì)胞和射出的磁珠碰撞的過程,進(jìn)行單細(xì)胞捕獲的技術(shù),轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術(shù)。該技術(shù)用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠(yuǎn)大于Input細(xì)胞數(shù)量),保證單孔中的單細(xì)胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業(yè)商業(yè)宣傳資料比對),保證Input細(xì)胞的高效使用。對于Input細(xì)胞的量更少的情況,可以基于百萬級別的細(xì)胞總量開始進(jìn)行前期處理以及后期捕獲操作。而在細(xì)胞捕獲完成后,進(jìn)行細(xì)胞裂解后,同樣的也進(jìn)行細(xì)胞中RNApolyA序列的抓取工作。單細(xì)胞多組學(xué)對不同組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析有助于更刻畫細(xì)胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機制。

SingleCellSequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(shù)(NGS,NextGenerationSequencing)分析每一個單個細(xì)胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細(xì)胞間的細(xì)胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細(xì)胞?如果無法獲得單個細(xì)胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細(xì)胞?單個組織細(xì)胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細(xì)胞數(shù)量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細(xì)胞?單細(xì)胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細(xì)胞的時候,如果單個細(xì)胞的分選成本也很高,技術(shù)根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細(xì)胞測序應(yīng)用中的普及度一直不足,直到幾個突破性技術(shù)的誕生。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在多個研究領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的推進(jìn)作用,揭示了組織中微量的細(xì)胞類型和基因表達(dá)特征。重慶上海烈冰生物單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程。深圳BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

BDRhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)集成了熒光顯微成像系統(tǒng),可以對不同熒光標(biāo)記的細(xì)胞進(jìn)行檢測并計數(shù)。在進(jìn)行質(zhì)量評估之前,首先要將細(xì)胞的培養(yǎng)體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進(jìn)行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細(xì)胞實驗團(tuán)隊推薦采用水平轉(zhuǎn)子離心機來進(jìn)行這步操作。這種離心機可以有效減少細(xì)胞在多次更換Buffer過程中的損失,尤其是對于細(xì)胞量較少的樣本來說,顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細(xì)胞進(jìn)行過篩操作,去除較大的細(xì)胞團(tuán),獲得較為純凈的單細(xì)胞懸液。深圳BD單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司總部位于江月路999號奇亞特中心22幢,是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計算機、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司。烈冰生物深耕行業(yè)多年,始終以客戶的需求為向?qū)?,為客戶提供高質(zhì)量的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物不斷開拓創(chuàng)新,追求出色,以技術(shù)為先導(dǎo),以產(chǎn)品為平臺,以應(yīng)用為重點,以服務(wù)為保證,不斷為客戶創(chuàng)造更高價值,提供更優(yōu)服務(wù)。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場,以敏銳的市場洞察力,實現(xiàn)與客戶的成長共贏。