單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽，需要對(duì)細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進(jìn)行準(zhǔn)確判斷，這對(duì)SingleCell分選標(biāo)記、建庫(kù)、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高，將會(huì)影響建庫(kù)的成功率；計(jì)數(shù)偏低，則會(huì)顯著提高雙細(xì)胞的比例；而細(xì)胞活率過(guò)低，就會(huì)使測(cè)序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣，因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過(guò)程中，由于不同操作人員手法具有不可避免的差異，不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞分選平臺(tái)配套了專門定制的電動(dòng)移液器，其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式，來(lái)對(duì)應(yīng)各種不同的操作。通過(guò)已經(jīng)設(shè)定的程序來(lái)控制液體的流速，大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來(lái)的差異，保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性。在單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)的支持下,早期妊娠母胎界面的異質(zhì)性問(wèn)題得到了更深入的闡述與理解。BD單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序
機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被“沉默”，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。寧波烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)可在同一細(xì)胞中捕獲分析兩種以上的組學(xué)信息,包括轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。
2016年發(fā)表的DR-seq和G&T-seq技術(shù),實(shí)現(xiàn)在單細(xì)胞內(nèi)同時(shí)進(jìn)行基因組和轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析,使得研究人員能夠在分析細(xì)胞間基因組差異和基因表達(dá)異質(zhì)性的同時(shí),進(jìn)一步理解基因組序列差異、拷貝數(shù)變異與轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性之間的關(guān)系.隨后在同一個(gè)單細(xì)胞內(nèi),基于轉(zhuǎn)錄組、染色質(zhì)可及性、染色質(zhì)構(gòu)象、DNA拷貝數(shù)、DNA甲基化、蛋白質(zhì)豐度或者空間狀態(tài)等整合分析的多組學(xué)方法也相繼出現(xiàn)。相較于利用不同的單細(xì)胞單組學(xué)測(cè)序方法從一類細(xì)胞中分別獲取轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀遺傳組等進(jìn)行分析,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)可以從同一個(gè)單細(xì)胞中同時(shí)獲取多種組學(xué)數(shù)據(jù),可以更好地反映細(xì)胞在特定狀態(tài)下各組學(xué)間的關(guān)聯(lián)以及復(fù)雜的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，針對(duì)龐大的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)，能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn)：一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個(gè)性化基因列表；輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Featureplot；任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型；一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖：輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖，還可以通過(guò)調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來(lái)調(diào)節(jié)美觀。平臺(tái)上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動(dòng)化分析，節(jié)省您的工作時(shí)間并提升整體工作效率。功能研究型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)結(jié)合了CRISPR基因編輯技術(shù), 深度挖掘基因表達(dá)調(diào)控與細(xì)胞功能。
單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)是在單細(xì)胞分辨率下精確分析細(xì)胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的新技術(shù)，提供了全新的視角來(lái)分析細(xì)胞的分化路徑、細(xì)胞間的交互調(diào)控和細(xì)胞亞群的分離現(xiàn)象。轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)的差異賦予了組織內(nèi)同樣基因組背景下的單個(gè)細(xì)胞的功能特異性。單個(gè)細(xì)胞的組學(xué)變化決定了組織的功能狀態(tài)，因此，闡明組織的細(xì)胞異質(zhì)性是破譯生理功能和病理演變的關(guān)鍵。然而，以bulkＲＮＡ測(cè)序等為**的傳統(tǒng)方法掩蓋了細(xì)胞的異質(zhì)性，細(xì)胞組學(xué)變化的平均水平。近１０年來(lái)，單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生，實(shí)現(xiàn)了在單細(xì)胞分辨率下研究分子的變化規(guī)律。單細(xì)胞技術(shù)從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在，研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組，擴(kuò)展到了基因組、免疫組、蛋白組等多組學(xué)水平。寧波烈冰單細(xì)胞多組學(xué)商業(yè)化服務(wù)
以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組為中心的多組學(xué)聯(lián)合分析有利于更好地理解基因變化與表型變化之間的關(guān)聯(lián)性。BD單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10×Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量非常接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。BD單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等，價(jià)格合理，品質(zhì)有保證。公司從事醫(yī)藥健康多年，有著創(chuàng)新的設(shè)計(jì)、強(qiáng)大的技術(shù)，還有一批專業(yè)化的隊(duì)伍，確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。烈冰生物立足于全國(guó)市場(chǎng)，依托強(qiáng)大的研發(fā)實(shí)力，融合前沿的技術(shù)理念，及時(shí)響應(yīng)客戶的需求。