蘇州10X Genomics單細胞測序多組學測序

來源: 發(fā)布時間:2022-08-08

針對單細胞測序的細胞上樣數,為什么不建議捕獲到的細胞數量越高越好?一味地追求高數量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質量不是很理想(細胞活性5%、結團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fractionreadsincells偏低。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數據出現(xiàn)假陽性和假陰性結果!當目標細胞捕獲數很大時,多細胞率會增加,數據分析時,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數和UMI檢測數是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數),導致所有細胞的統(tǒng)計數據(單個細胞基因檢測中位數、單個細胞UMI檢測中位數)虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數據分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數據的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。蘇州10X Genomics單細胞測序多組學測序

單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,需要對細胞數量、細胞活性進準判斷,這對SingleCell分選標記、建庫、下機數據的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數偏高,將會影響建庫的成功率;計數偏低,則會提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數據的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作。通過已經設定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。蘇州10X Chromium X單細胞測序服務公司烈冰引進國際主流單細胞和空間轉錄組測序平臺,保障細胞精度的前提下提供組織內部精細區(qū)域的空間信息。

機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當細胞在不同狀態(tài)之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態(tài),在異質性發(fā)育過程中具有特殊的應用價值。然而,單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內的全部基因表達情況。空間轉錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質性。全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。

從單細胞測序描述性分析轉向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數據集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調控的開放染色質區(qū)域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數據,研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產力、減少因批次效應引起的錯誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數據分析服務。合肥10X單細胞測序

烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。蘇州10X Genomics單細胞測序多組學測序

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