陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-07

單細(xì)胞測(cè)序是指針對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,可精確地描述每一個(gè)細(xì)胞的狀態(tài),在異質(zhì)性發(fā)育過(guò)程中具有特殊的應(yīng)用價(jià)值。然而,單細(xì)胞測(cè)序無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,對(duì)于揭示發(fā)育過(guò)程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以點(diǎn)陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測(cè)序,可以精確指示點(diǎn)陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的加入,無(wú)疑讓單細(xì)胞測(cè)序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序助您探究細(xì)胞類(lèi)型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)

樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類(lèi)細(xì)胞的不同性質(zhì),因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,以及它們?cè)谥苽浜蠖嗑帽銘?yīng)當(dāng)被盡快使用。例如,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,它們就開(kāi)始形成團(tuán)塊。這些團(tuán)塊很難解離,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性。此外,有些細(xì)胞更加粘稠,形成團(tuán)塊的速度更快。對(duì)于這些細(xì)胞,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差長(zhǎng)沙10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。

對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開(kāi)展后續(xù)各項(xiàng)分析,并且數(shù)據(jù)分析時(shí)以細(xì)胞聚類(lèi)(cellcluster)為討論對(duì)象,而不是像常規(guī)Bulk測(cè)序一樣以組別為分析對(duì)象,因此單細(xì)胞測(cè)序項(xiàng)目對(duì)樣本入組要求沒(méi)有Bulk測(cè)序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測(cè)序,特別是目的為圖譜研究時(shí),需要通過(guò)提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類(lèi)型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)時(shí)首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來(lái)源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫(kù)、測(cè)序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個(gè)樣本分別捕獲細(xì)胞時(shí),后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性。

烈冰生物搭建近10臺(tái)10XGemomics平臺(tái),目前為全國(guó)范圍內(nèi)的高校、醫(yī)院和研究所等單位的科研學(xué)者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)為8或16通道系統(tǒng),每個(gè)通道上限可捕獲20000細(xì)胞,16通道一次可檢測(cè)細(xì)胞范圍為百萬(wàn)級(jí)別的細(xì)胞水平。此外,單個(gè)細(xì)胞捕獲效率高達(dá)65%,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類(lèi)型,利于稀有樣本或小細(xì)胞量類(lèi)型樣本研究;細(xì)胞可適性高,對(duì)細(xì)胞大?。ㄖ睆匠^(guò)40um細(xì)胞需要制備成細(xì)胞核)及類(lèi)型無(wú)限制。細(xì)胞捕獲周期較短,能夠?qū)崿F(xiàn)自動(dòng)分離,無(wú)需人工操作,1天內(nèi)可完成從細(xì)胞懸液到cDNA文庫(kù)構(gòu)建的所有的測(cè)序準(zhǔn)備工作。單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái),烈冰提供高性?xún)r(jià)比服務(wù)方案。

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過(guò)程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過(guò),每種分析在開(kāi)展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來(lái)構(gòu)建新一代測(cè)序文庫(kù),從而測(cè)定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá)。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),并通過(guò)熒光測(cè)定表達(dá)水平。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無(wú)偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析。然而,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,確保來(lái)自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測(cè)序文庫(kù),從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測(cè)定。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺(tái)滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測(cè)序。上海烈冰單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)機(jī)構(gòu)

截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過(guò)程中的關(guān)鍵過(guò)程和事件,如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展,以及對(duì)多種用藥的反應(yīng)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個(gè)問(wèn)題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會(huì)互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對(duì)關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會(huì)生效么?陜西10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)

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