單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序

基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的，而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng)，這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用，對(duì)于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?！睘榱送苿?dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對(duì)于越來(lái)越多的研究人員來(lái)說(shuō)，單細(xì)胞RNA測(cè)序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對(duì)基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問(wèn)題上已證實(shí)是行之有效的。搭建多種測(cè)序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺(tái)，5000+項(xiàng)目檢驗(yàn)，真實(shí)可信賴。單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序

截至2022年6月，烈冰生物助力發(fā)表單細(xì)胞文章近40篇，從平臺(tái)應(yīng)用比例來(lái)看，應(yīng)用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺(tái)發(fā)文比例各占50%左右，研究類型涵蓋疾病發(fā)展，靶點(diǎn)探索，免疫研究，神經(jīng)發(fā)育，干細(xì)胞分化，植物發(fā)育，退行病變，糖尿病，COVID-19等等研究；從發(fā)表期刊水平來(lái)看，烈冰生物聯(lián)合發(fā)表的單細(xì)胞文章，CNS一區(qū)期刊占比在30%以上，其中包括immunity三篇，Nature子刊3篇（Nature cell biology,Nature Plants，Nature communication）,風(fēng)濕類領(lǐng)域ARD期刊1篇，CUT 1篇，Advanced Science多篇，IF大于10分以上文章占比高達(dá)68.5%，烈冰專屬單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)團(tuán)隊(duì)，將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。長(zhǎng)沙二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序價(jià)格高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變，一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。

作為單細(xì)胞測(cè)序的一個(gè)重要里程碑，10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution，此平臺(tái)整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件，能精確對(duì)接illumina測(cè)序儀，因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測(cè)序和分析，獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況，并通過(guò)對(duì)復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析，繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性，并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體，單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇。

10XGenomics是一種基于drop的微流控技術(shù)，液體在配套芯片中的微管道中流動(dòng)，因此細(xì)胞直徑會(huì)受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為50~60um，因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過(guò)40um。當(dāng)細(xì)胞直徑過(guò)大時(shí)，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對(duì)于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言，準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時(shí)候，往往會(huì)遇到一個(gè)尷尬的問(wèn)題，就是目標(biāo)細(xì)胞，例如神經(jīng)元細(xì)胞、成熟心肌細(xì)胞由于體積過(guò)大，不適用于10X單細(xì)胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大，直接超過(guò)了芯片中管道的直徑，雖然心肌細(xì)胞直徑低于50um，但是成熟心肌細(xì)胞的長(zhǎng)度很長(zhǎng)，有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小，不會(huì)出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險(xiǎn)。因此可以考慮組織解離后過(guò)40um濾網(wǎng)，過(guò)濾掉大細(xì)胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險(xiǎn)。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過(guò)濾掉，丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后，繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核，開(kāi)展細(xì)胞核測(cè)序。具體可訪問(wèn)烈冰官網(wǎng)給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣，為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具。成都10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)機(jī)構(gòu)

個(gè)性化制定測(cè)序項(xiàng)目方面，滿足從檢測(cè)基因到蛋白的多組學(xué)測(cè)序要求。單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10×Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型的公司。烈冰生物致力于為客戶提供良好的單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序，一切以用戶需求為中心，深受廣大客戶的歡迎。公司秉持誠(chéng)信為本的經(jīng)營(yíng)理念，在醫(yī)藥健康深耕多年，以技術(shù)為先導(dǎo)，以自主產(chǎn)品為重點(diǎn)，發(fā)揮人才優(yōu)勢(shì)，打造醫(yī)藥健康良好品牌。烈冰生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營(yíng)理念，全力打造公司的重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力。