基因和基因產(chǎn)物并不是單獨運作的,而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng),這些合在一起實現(xiàn)了細胞、組織和生物體的運作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用,對于了解生物系統(tǒng)如何運作至關(guān)重要?!睘榱送苿涌茖W發(fā)現(xiàn),科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說,單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的。經(jīng)驗豐富的實驗團隊,為獲得示組織內(nèi)真實表達水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。長春烈冰單細胞測序
單細胞測序技術(shù)(SingleCellSequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領(lǐng)域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了BulkPopulationSequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細胞懸液質(zhì)量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質(zhì)控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng),在實驗實施層面對單細胞測序結(jié)果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。廣州10X Chromium X單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化十二年測序經(jīng)驗,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。
樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數(shù)后,單細胞懸液應(yīng)當保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應(yīng)當在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質(zhì),因為這可能會影響細胞應(yīng)在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應(yīng)當被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風險,而且每個團塊被當成單細胞計數(shù),又降低了細胞計數(shù)的準確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差
RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學方法作為一類強大的工具,可提供混合樣本的基因表達平均數(shù)據(jù),幫助科學家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細胞技術(shù)上達到新高度——使得科學家能夠定義細胞類型特異的基因表達,從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達模式的細胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細胞類型,并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務(wù)方案。
烈冰科技專注為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。長春烈冰單細胞測序
烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。長春烈冰單細胞測序
一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。長春烈冰單細胞測序
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