南京10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬通量平臺(tái)

現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識(shí)別?，F(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測(cè)序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)采用動(dòng)態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會(huì)落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠，那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會(huì)使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。豐富的測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。南京10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬通量平臺(tái)

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。長沙二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序價(jià)格烈冰對(duì)于一個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫測(cè)序分析。

基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的，而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng)，這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用，對(duì)于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要。”為了推動(dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對(duì)于越來越多的研究人員來說，單細(xì)胞RNA測(cè)序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對(duì)基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問題上已證實(shí)是行之有效的。

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題，10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量，這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此，這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來說，都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù)，使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象，相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說，影響幾乎可以忽略不計(jì)（10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果，顯示無影響。烈冰生物首批引進(jìn) Chromium X 平臺(tái)，開啟百萬級(jí)通量單細(xì)胞測(cè)序新時(shí)代。

10× Genomics官方建議，當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量，10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作?；诹冶嗄陠渭?xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn)，建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后，考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細(xì)胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài)，失真嚴(yán)重，建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn)，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。搭建多種測(cè)序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺(tái)，5000+項(xiàng)目檢驗(yàn)，真實(shí)可信賴。上海高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

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從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析，越來越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫序列（包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體）以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù)，研究人員的獲益更多，包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤，并節(jié)省更多的高科技資源（從資助基金到人員時(shí)間）。南京10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序百萬通量平臺(tái)

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢，市場(chǎng)營銷策劃，市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除?？兀?，軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)】的公司，是一家集研發(fā)、設(shè)計(jì)、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。烈冰生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì)，以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。烈冰生物致力于把技術(shù)上的創(chuàng)新展現(xiàn)成對(duì)用戶產(chǎn)品上的貼心，為用戶帶來良好體驗(yàn)。烈冰生物始終關(guān)注自身，在風(fēng)云變化的時(shí)代，對(duì)自身的建設(shè)毫不懈怠，高度的專注與執(zhí)著使烈冰生物在行業(yè)的從容而自信。