現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是分隔單個細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間，單個細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別?，F(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。經(jīng)驗(yàn)豐富的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)，為獲得示組織內(nèi)真實(shí)表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。廈門烈冰科技單細(xì)胞測序
單細(xì)胞獲得困難，不同組織要求不盡相同難以搞定？ 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn)，100+組織類型解離protocol，精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系，確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無法實(shí)驗(yàn)，珍貴樣本無法使用？ 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù)，確保凍存組織使用。 珍貴樣本，細(xì)胞數(shù)量太少，消化背景雜無法做單細(xì)胞？ 采用國際認(rèn)可的10X Genomics，BD Rhapsody雙平臺模式，根據(jù)樣本實(shí)際情況和用戶需求提供客觀有效的實(shí)驗(yàn)方案,細(xì)胞量少，背景雜也能做單細(xì)胞。 單細(xì)胞RNA分類精度不足，部分細(xì)胞無法細(xì)分？ 烈冰同時采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，真正做到從上游到下游的全流程檢測，確保超高的細(xì)胞分類精度。廣州10X單細(xì)胞測序商業(yè)化服務(wù)單細(xì)胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。
關(guān)于單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)樣本制備，這與流式細(xì)胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致，也就是通過酶促或機(jī)械消化、細(xì)胞分選或其他細(xì)胞分離技術(shù)從整個樣本中制備生成活的單細(xì)胞懸液。隨后是細(xì)胞計(jì)數(shù)和質(zhì)量控制步驟，以確保您的樣本有適當(dāng)濃度的活細(xì)胞，并且不含細(xì)胞團(tuán)塊和死細(xì)胞碎片。如有必要，您還可以使用抗體對樣本進(jìn)行染色，標(biāo)記細(xì)胞表面蛋白或其他生物分析物，或者通過FACS來富集感興趣的細(xì)胞類型。解離樣本時采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)而定。也許需要額外的制備步驟，具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度、細(xì)胞大小，以及是否需要提取出細(xì)胞核進(jìn)行染色質(zhì)可接近性分析。無論具體的考慮因素如何，所有樣本類型都遵循同一個基本原則，那就是生成高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液。
一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行，而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個細(xì)胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時，無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù)，都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時，數(shù)據(jù)量在100G左右時，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000，開啟更大通量測序新紀(jì)元。
10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術(shù)，液體在配套芯片中的微管道中流動，因此細(xì)胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um，因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過 40um。當(dāng)細(xì)胞直徑過大時，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言，準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時候，往往會遇到一個尷尬的問題，就是目標(biāo)細(xì)胞，例如神經(jīng)元細(xì)胞、成熟心肌細(xì)胞由于體積過大，不適用于 10X 單細(xì)胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大，直接超過了芯片中管道的直徑，雖然心肌細(xì)胞直徑低于 50um，但是成熟心肌細(xì)胞的長度很長，有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小，不會出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng)，過濾掉大細(xì)胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過濾掉，丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后，繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核，開展細(xì)胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。單細(xì)胞測序技術(shù)提供了單個細(xì)胞水平下的科學(xué)研究視角。吉林10X Genomics單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)
烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺，不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數(shù)據(jù)，制定多套流程；廈門烈冰科技單細(xì)胞測序
基于10X Next GEM技術(shù)，單細(xì)胞測序一次實(shí)驗(yàn)可以同時檢測近萬個細(xì)胞，可在一個樣本中同時獲3'端mRNA表達(dá)譜、如需和免疫組庫（TCR和BCR）的數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合時，即某些研究還需結(jié)合基因的表達(dá)譜和V(D)J數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析，監(jiān)測免疫療法的效果，研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機(jī)制，可進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫測序： 烈冰單細(xì)胞免疫組庫平臺具備：1000+項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，一次實(shí)驗(yàn)可同時獲取1000-20000個細(xì)胞的文庫構(gòu)建，獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù)； 具備完善的免疫組庫測序和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程，獲取V(D)J全長序列的配對信息；豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，實(shí)現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù)，搭配單細(xì)胞分析云平臺，一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報告。廈門烈冰科技單細(xì)胞測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細(xì)胞多組學(xué)測序等，價格合理，品質(zhì)有保證。公司注重以質(zhì)量為中心，以服務(wù)為理念，秉持誠信為本的理念，打造醫(yī)藥健康良好品牌。烈冰生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營理念，全力打造公司的重點(diǎn)競爭力。