多樣本數(shù)據(jù)合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時(shí),各樣本根據(jù)Mapped Barcoded Reads per Cell數(shù)量計(jì)算出來(lái)的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測(cè)序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測(cè)序深度差異導(dǎo)致的基因檢測(cè)數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變,一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。淄博單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類(lèi)型的功能解析,越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過(guò)單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫(kù)序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。北京10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,開(kāi)啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元。
烈冰與國(guó)內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開(kāi)展深度合作,服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu),1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國(guó)際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計(jì)),在單細(xì)胞領(lǐng)域,烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領(lǐng)域國(guó)際主流學(xué)術(shù)期刊,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制,免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。
單細(xì)胞多組學(xué)帶來(lái)的突破 單細(xì)胞測(cè)序方法不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過(guò)程,還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展。那些過(guò)去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無(wú)法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對(duì)傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認(rèn)識(shí)。從鑒定新的細(xì)胞類(lèi)型和狀態(tài),到揭開(kāi)疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機(jī)制,單細(xì)胞測(cè)序正在推動(dòng)突破性的研究,有望改變生物學(xué)和醫(yī)療。無(wú)論是無(wú)法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來(lái)越清晰。隨著我們邁向科學(xué)的未來(lái),我們手頭的工具就像伽利略的望遠(yuǎn)鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學(xué)未來(lái)的知識(shí)新深度是十年前的人們所無(wú)法想象的。助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息;助力醫(yī)療健康時(shí)代!
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中,并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。烈冰單細(xì)胞測(cè)序,助力您的深入科學(xué)探究。南昌10X單細(xì)胞測(cè)序
烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測(cè)序服務(wù)。淄博單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類(lèi)型和樣本制備 :10X平臺(tái)在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊,獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無(wú)細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊,且細(xì)胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量有關(guān)。各種尺寸不同的細(xì)胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達(dá)解決方案中使用的10X Genomics平臺(tái)兼容。一般來(lái)說(shuō),細(xì)胞制備方案將根據(jù)組織來(lái)源和細(xì)胞類(lèi)型而變化。每種組織類(lèi)型都是獨(dú)特的,因此,必須在開(kāi)始任何單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗(yàn),累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細(xì)胞懸液,烈冰將盡可能提供技術(shù)及實(shí)驗(yàn)上的幫助。淄博單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家服務(wù)型類(lèi)企業(yè),積極探索行業(yè)發(fā)展,努力實(shí)現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),隨著市場(chǎng)的發(fā)展和生產(chǎn)的需求,與多家企業(yè)合作研究,在原有產(chǎn)品的基礎(chǔ)上經(jīng)過(guò)不斷改進(jìn),追求新型,在強(qiáng)化內(nèi)部管理,完善結(jié)構(gòu)調(diào)整的同時(shí),良好的質(zhì)量、合理的價(jià)格、完善的服務(wù),在業(yè)界受到寬泛好評(píng)。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,價(jià)格合理,品質(zhì)有保證,深受廣大客戶的歡迎。烈冰生物將以真誠(chéng)的服務(wù)、創(chuàng)新的理念、***的產(chǎn)品,為彼此贏得全新的未來(lái)!