武漢10X Chromium X單細胞測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-06-17

烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序實驗和深度的生物信息數(shù)據(jù)分析服務,已逐步發(fā)展為單細胞多組學檢測服務****。專注于“單細胞測序系列技術服務”的專精領域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數(shù)千平辦公場所,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****,60+項自主知識產(chǎn)權,轉化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉錄組測序等多組學聯(lián)合的實驗+數(shù)據(jù)分析全流程服務平臺。為600+國內高校和醫(yī)院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫(yī)藥開發(fā)、科學研究、醫(yī)學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學檢測服務和解決方案,助力300+CNS國際學術期刊文章發(fā)表,30+篇單細胞技術聯(lián)合(助力)發(fā)文,IF 10+文章占比>65%。烈冰科技已建立了多種國際和國內主流的高通量測序實驗平臺。武漢10X Chromium X單細胞測序平臺

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復雜的結果文件可視化,還是可以實現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您!天津高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化單細胞測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強有力的工具。

機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當細胞在不同狀態(tài)之間轉變時,往往會經(jīng)歷轉錄重組,導致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。

關于10X Genomics單細胞平臺的樣本類型和樣本制備 :10X平臺在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,獲得分離良好的細胞懸液、無細胞隨便、極少的細胞團塊,且細胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉錄本數(shù)量有關。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的10X Genomics平臺兼容。一般來說,細胞制備方案將根據(jù)組織來源和細胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的,因此,必須在開始任何單細胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經(jīng)驗,累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助。經(jīng)驗豐富的實驗團隊,為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障。

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術,液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細胞的直徑不能超過 40um。當細胞直徑過大時,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于 10X 單細胞技術。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于 50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小,不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng),過濾掉大細胞,避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關細胞數(shù)據(jù);另外組織解離獲得高質量細胞懸液以后,繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,烈小冰將安排專業(yè)技術為您詳細解答。烈冰生物首批引進 Chromium X 平臺,開啟百萬級通量單細胞測序新時代。天津10X Genomics單細胞測序技術支持

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科技的發(fā)展讓單細胞測序已經(jīng)應用于疾病發(fā)展過程中的關鍵過程和事件,如前病變向惡性的轉化、惡性向轉移性的發(fā)展,以及對多種用藥的反應。單細胞測序技術作為一個需要將組織解離成為單細胞懸液,或者是采用細胞核捕獲的策略捕獲單細胞核,進而對于每一個單細胞或者細胞核進行測序得到結果的技術,其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細胞A與B并不出現(xiàn)在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉化么?免疫研究中,兩個具有非常強的PDL1-PD1的配對關系的細胞在組織切片上風馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關系會生效么?武漢10X Chromium X單細胞測序平臺

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康,擁有一支專業(yè)技術團隊和良好的市場口碑。公司業(yè)務分為單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序等,目前不斷進行創(chuàng)新和服務改進,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務。公司注重以質量為中心,以服務為理念,秉持誠信為本的理念,打造醫(yī)藥健康良好品牌。在社會各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務體驗,為客戶成功提供堅實有力的支持。