吉林10X Chromium X單細胞測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-06-15

相對于Smart-Seq技術(shù)在細胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術(shù),使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,顯示無影響。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務(wù)。吉林10X Chromium X單細胞測序平臺

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。溫州單細胞測序多組學測序烈冰一站式單細胞測序服務(wù):立足科學研究,解碼生命本質(zhì)。

單細胞多組學帶來的突破 單細胞測序方法不但改進了實驗過程,還幫助科學家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進展。那些過去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態(tài),到揭開疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機制,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學和醫(yī)療。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。

Single Cell Sequencing技術(shù),即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(shù)(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數(shù)量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,技術(shù)根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應(yīng)用中的普及度一直不足,直到幾個突破性技術(shù)的誕生。烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。

為什么需要單細胞分辨率? 生物學就像宇宙一樣。它非常復雜,有許多獨特的單體,也就是細胞。這些細胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發(fā)現(xiàn)和定義這些細胞也需要高分辨率的工具,才能解開促成生物學復雜性的基因表達異質(zhì)性。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學研究,闡明具體細節(jié),構(gòu)建出一幅更大、更精細的圖譜,說明導致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復發(fā)?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。烈冰生物首批引進 Chromium X 平臺,開啟百萬級通量單細胞測序新時代。烈冰生物單細胞測序多組學測序

ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。吉林10X Chromium X單細胞測序平臺

針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。吉林10X Chromium X單細胞測序平臺

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā),發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強企業(yè)重點競爭力,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,實現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括:單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營宗旨,深受客戶好評。公司深耕單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序,正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展。