莖環(huán)法逆轉錄是一種逆轉錄反應的技術,它利用莖環(huán)結構的RNA分子作為反向引物,在逆轉錄過程中特異性地擴增目標RNA分子。該技術在分子生物學和醫(yī)學研究中得到了普遍的應用,特別是在RNA的研究和檢測中具有獨特的優(yōu)勢。莖環(huán)法逆轉錄技術的基本原理是利用逆轉錄酶和莖環(huán)結構的RNA作為反向引物,將RNA逆轉錄成cDNA,并在PCR反應中擴增。莖環(huán)結構的RNA分子具有較高的穩(wěn)定性和特異性,可以特異性地識別和結合目標RNA分子,從而在逆轉錄反應中作為反向引物擴增目標cDNA。此外,由于莖環(huán)結構的RNA分子與目標RNA分子的堿基序列互補,因此莖環(huán)法逆轉錄技術可以避免隨機引物引起的非特異擴增。逆轉錄活性可以RNA為模板,合成與其序列互補的DNA鏈,生成DNA-RNA雜合雙鏈。北京一體化逆轉錄酶純度高
逆轉錄酶實驗一步法與兩步法具有以下區(qū)別:一步法比兩步法更快速、簡便、減少了污染機會、減少了RNA二級結構、減少了PCR反應的錯配率;兩步法的優(yōu)勢在于中間產物cDNA,便于保存;且第二步PCR只取逆轉錄反應產物的1/10進行反應,有利于PCR條件的調整,實驗重現性強;兩步法可以在第二步PCR反應體系中加入特異性引物,其靈敏度比一步法高;兩步法包括首先鏈cDNA合成和隨后的PCR反應,容易產生污染問題;兩步法的實驗預算要低于一步法。北京一體化逆轉錄酶純度高逆轉錄實驗盡量避免多次凍融處理RNA樣品,避免樣品質量下降。
反轉錄酶的注意事項,隨機引物:適合各種RNA的RT,尤其適合模板豐度很低的情況(比如某個gene表達量很低)。選擇隨機引物時,首先鏈cDNA合成反應中就是以所有的RNA為模板,然后進行PCR反應時設計引物進行特異性擴增。同時要注意隨機引物的量和總RNA量之間的關系,一般建議每5μg總RNA的隨機引物的用量為50ng,如果每5μg總RNA的隨機引物的用量超過250ng,可能會導致小片段產物(<500bp)的增加和長片斷、全長產物產物的降低。酵母菌逆轉錄酶是逆轉錄酶家族中的一個重要表示,逆轉錄在研究RNA表達調控等領域有普遍的應用前景。
反轉錄酶的注意事項,在進行RT反應之前,應考慮以下幾個方面:RNA:成功的cDNA合成來自高質量的RNA,高質量的RNA至少應保證全長并且不含逆轉錄酶的抑制劑,如EDTA或SDS。在提取RNA的過程中,要特別防止RNase的污染,同時在逆轉錄反應中經常加入RNase抑制劑以增加cDNA合成的長度和產量。RNase抑制劑要在首先鏈cDNA合成反應中,在緩沖液和還原劑(如DTT)存在的條件下加入,因為cDNA合成前的過程會使抑制劑變性,從而釋放結合的可以降解RNA的RNase。蛋白RNase抑制劑只防止RNaseA,B,C對RNA的降解,并不能防止皮膚上的RNase,因此盡管使用了這些抑制劑,也要小心不要從手指上引入RNase,實驗過程中經常更換新手套。逆轉錄實驗要使用高質量的反轉錄酶和逆轉錄引物,避免引物交叉污染。
miRNA的加尾法逆轉錄和qPCR,miRNA與mRNA不同,成熟的miRNA的長度只有20nt左右,非常短,通常正向引物就足以覆蓋其全長甚至有余,反向引物就無處安放了。那么如何實現miRNA的qPCR擴增呢?解決方案就是在逆轉錄的時候設法增加逆轉錄產物長度。普遍的方法有兩種,加尾法和莖環(huán)法。經過加尾法或莖環(huán)法這種特殊的逆轉錄形式處理之后,得到的cDNA長度從原始的20nt增加到80nt以上,這樣就能夠實現miRNA的qPCR擴增了。RNA逆轉錄實驗注意事項:選擇合適的引物:但其對RNA的完整度和二級結構的要求較高,而且不適用于原核生物。隨機引物可以根據堿基情況結合到幾乎所有的RNA上,包括mRNA、tRNA和rRNA。逆轉錄酶通常具有多種活性,如逆轉錄活性、復制活性與RNA酶H活性。廣州莖環(huán)法反轉錄制造商
逆轉錄實驗過程中要注意RNA樣品的保存、純化、處理和轉錄酶的選擇。北京一體化逆轉錄酶純度高
逆轉錄實驗步驟:引物濃度計算方法:(新合成的引物的稀釋)假如終濃度為XuM(pmol/ul)加DEPC水體積(ul)=(OD×33×1000000)/(分子量×X)。用AMV逆轉錄酶進行RT(10ul體積)1、準備0.65mlEP管。2、加入4.5ulDEPC水,1ul引物,1ul模板RNA。3、稍離心,100℃沸水裕1min。4、加入0.5uldNTP,2ul5×Buffer,1ulAMV逆轉錄酶。5、稍離心,封口膜封口,42℃水浴90℃作RT。6、100℃沸水裕3min滅活AMV。7、立即PCR或-20℃保存。逆轉錄實驗時注意事項:為避免RNA酶污染,在RT中仍要佩戴一次性手套和口罩。北京一體化逆轉錄酶純度高