PNGaseF(肽-N-糖苷酶F)是一種普遍使用的酶,它可以從N-連接糖蛋白中去除幾乎所有類型的N-連接糖鏈。其活性和穩(wěn)定性可能會在不同的pH條件下發(fā)生變化。根據(jù)NEB(NewEnglandBiolabs)提供的PNGaseF產(chǎn)品信息,PNGaseF的好的活性和穩(wěn)定性pH為7.5。在pH7.5時,PNGaseF的活性可以達到100%。然而,酶在不同溫度下的活性表現(xiàn)也有所不同:在37°C時活性為100%,在30°C時也保持100%,而在23°C時活性下降到65%,17°C時為40%,在3°C時幾乎無活性。這表明PNGaseF的活性隨溫度降低而下降,盡管pH值對酶活性有重要影響,但溫度也同樣是一個重要因素。此外,PNGaseF的活性會受到SDS的抑制,因此在變性條件下進行酶切時,反應(yīng)混合物中必須包含NP-40,以1:1的比例存在,以抵消SDS的抑制作用。對于非變性條件下的酶切,可能需要更多的酶和更長的孵育時間。在實驗操作中,為了確保PNGaseF的好的活性,建議按照制造商提供的推薦緩沖液和條件進行實驗。如果需要在不同的pH條件下使用PNGaseF,可能需要通過實驗優(yōu)化來確定好的條件。
EndoS,即糖苷內(nèi)切酶S(Endo-S),是一種具有高度特異性的酶,它在生物化學(xué)研究中有著重要應(yīng)用,尤其是在糖蛋白和抗體藥物偶聯(lián)物(ADCs)的研究中。以下是EndoS的一些關(guān)鍵特點:1.**特異性**:EndoS能夠特異性地識別并切割N-連接糖鏈的殼二糖結(jié)構(gòu),即在N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)和天冬酰胺之間的連接處進行切割。2.**應(yīng)用**:在制備糖鏈定點ADC化合物中,EndoS被用于將小分子細胞毒藥物“一步”定點連接到抗體糖基化位點,提供了一種重要的技術(shù)方法。3.**兼容性**:EndoS對多樣化的LacNAc修飾顯示出良好的兼容性,可以接受不同生物正交基團、熒光基團等衍生物作為底物,實現(xiàn)抗體糖基化修飾。4.**活性**:EndoS的活性對多肽沒有嚴(yán)格的要求,可以接受蛋白質(zhì)、肽、天門冬酰胺或游離聚糖作為底物。但是,對于具有三、四個支鏈的唾液酸化及去唾液酸化的聚糖,EndoS沒有活性。5.**產(chǎn)品形式**:EndoS通常以帶有His標(biāo)簽的形式存在,便于從反應(yīng)中去除,這在實驗操作中提供了便利。6.**研究進展**:EndoS在去糖基化方法研究中是一個重要的工具,特別是在研究糖蛋白的多肽部分和多糖部分的結(jié)構(gòu)和功能時。
酵母重組表達的PNGaseF(N-糖苷酶F)是一種用于蛋白質(zhì)去糖基化實驗的酰胺水解酶,具有以下特點以確保實驗中的活性和穩(wěn)定性:1.**高效性**:具有高比活性,例如750000U/mL,這有助于快速高效地進行去糖基化反應(yīng)。2.**穩(wěn)定性**:在含有50%甘油的儲存緩沖液中,比較好的活性和穩(wěn)定性可維持長達24個月。3.**使用條件**:可以在原生或變性條件下使用,對于變性條件下的去糖基化,建議添加NP-40以解除SDS的抑制作用。4.**儲存條件**:建議在-15~-25℃保存,有效期1年。5.**酶活定義**:1個酶活力單位指在10μL的反應(yīng)體系中,37℃條件下1小時從10μg變性RNaseB中除去超過95%的碳水化合物所需要的酶量。6.**操作簡便**:提供了使用說明,包括變性和非變性條件下的蛋白質(zhì)去糖基化步驟。7.**His標(biāo)簽**:產(chǎn)品帶有His標(biāo)簽,便于在實驗中進行純化和檢測。8.**純度**:純度達到95%以上,通過SDS-PAGE和完整ESI-MS進行確定。9.**快速反應(yīng)**:有些產(chǎn)品如FastPNGaseF,可以在數(shù)分鐘內(nèi)完成徹底且無偏好性地去糖基化。10.**注意事項**:產(chǎn)品供科研使用,操作時應(yīng)穿戴適當(dāng)?shù)膶嶒炇曳雷o裝備。遵循這些指導(dǎo)原則和產(chǎn)品說明,可以確保PNGaseF在實驗中的活性和穩(wěn)定性,從而獲得可靠的去糖基化結(jié)果。
高保真Cas9變體在實際應(yīng)用中的優(yōu)勢主要體現(xiàn)在以下幾個方面:1.**降低脫靶效應(yīng)**:高保真Cas9變體通過減少與非目標(biāo)DNA序列的結(jié)合,從而降低了基因編輯過程中的脫靶風(fēng)險。這對于減少基因編輯可能帶來的非預(yù)期效果至關(guān)重要。2.**提高特異性**:通過工程化改造,如SpCas9-HF1、eSpCas9和HypaCas9等變體,通過在DNA相互作用位點引入突變,減少了對目標(biāo)DNA的非特異性識別和切割。3.**擴展PAM序列兼容性**:一些高保真Cas9變體,如xCas93.7,能夠識別多種PAM序列,從而擴展了可編輯基因組區(qū)域的范圍。4.**提高效果**:在臨床中,高保真Cas9變體可以減少由于脫靶效應(yīng)引起的潛在風(fēng)險,提高基因的安全性和有效性。然而,高保真Cas9變體也存在一些局限性:1.**編輯效率可能降低**:在提高特異性的同時,可能會有一定的編輯效率。一些高保真變體可能在保持特異性的同時,編輯效率有所下降。2.**結(jié)構(gòu)和功能復(fù)雜性**:高保真Cas9變體的結(jié)構(gòu)改造可能增加其結(jié)構(gòu)和功能的復(fù)雜性,這可能對實際應(yīng)用中的穩(wěn)定性和可預(yù)測性帶來挑戰(zhàn)。3.**成本和可用性**:開發(fā)和生產(chǎn)高保真Cas9變體可能需要更多的研究和資源投入,這可能影響其在某些應(yīng)用中的成本效益。Cas12a同源物能夠識別更簡單的PAM序列(如5-TTN),這使得基因組的覆蓋率顯著提高。
EndoS糖苷內(nèi)切酶在ADCs制備中的具體應(yīng)用步驟,根據(jù)上海藥物研究所的研究,可以概括為以下幾個關(guān)鍵環(huán)節(jié):1.**篩選糖底物和糖苷內(nèi)切酶**:研究人員篩選了一系列糖底物和糖苷內(nèi)切酶,發(fā)現(xiàn)Endo-S2酶能夠?qū)⒍堑孜風(fēng)acNAc轉(zhuǎn)移至去糖抗體N297位糖基化位點,且LacNAc半乳糖6號位唾液酸化修飾不影響Endo-S2的轉(zhuǎn)糖基化活性。2.**抗體糖基化改造**:利用Endo-S2和LacNAc的組合,直接實現(xiàn)野生型抗體的糖基化改造。Endo-S2對多樣化LacNAc修飾的兼容性,可以高效獲得功能修飾的糖工程抗體。3.**設(shè)計合成藥物-連接子復(fù)合物**:研究人員設(shè)計并合成了LacNAc-linker-drug復(fù)合物結(jié)構(gòu),這是實現(xiàn)定點ADC化合物“一步”組裝的關(guān)鍵。4.**“一步”定點偶聯(lián)**:通過Endo-S2的催化作用,將小分子細胞毒藥物通過特定的糖鏈結(jié)構(gòu)直接定點連接到抗體的糖基化位點,簡化了ADCs的制備流程。5.**評價和測試**:對獲得的糖鏈定點ADC化合物進行結(jié)構(gòu)均一性、親水性、體外穩(wěn)定性及體外活性的測試。測試結(jié)果顯示,這些化合物具有非常好的結(jié)構(gòu)均一性(DAR=2)、親水性和體外穩(wěn)定性,并且在體外具有強大的瘤抑制活性。
CRISPR/Cas12a 是一種單一的RNA引導(dǎo)的核酸內(nèi)切酶,通過CRISPR/Cas9系統(tǒng)為靶向基因組工程提供了新的機會。Recombinant Mouse MCP-2/CCL8
EndoH糖苷內(nèi)切酶H在實驗中的特異性和效率通常通過以下幾個方面來確定:1.**特異性識別**:EndoH能夠特異性地識別并切割高甘露糖型N-連接糖鏈,這些糖鏈通常存在于未成熟的糖蛋白中。2.**切割位點**:EndoH識別并切割殼二糖結(jié)構(gòu)中的β-1,4-糖苷鍵連接的甘露糖型結(jié)構(gòu)糖鏈,但不能切割復(fù)雜型糖鏈糖蛋白。3.**酶活性測試**:通過使用標(biāo)準(zhǔn)糖蛋白底物進行酶活性測試,可以確定EndoH的活性和效率。4.**純化效果**:EndoH的純度可大于95%,這有助于確保實驗中酶的高效性。5.**比較分析**:與其他去糖基化酶(如PNGaseF)進行比較分析,可以評估EndoH的特異性和效率。6.**應(yīng)用效果**:EndoH用于基于DNA測序的熒光輔助糖電泳(DSA-FACE)分析核糖核酸酶B(ribonucleaseB,RNaseB)的糖基結(jié)構(gòu),可以比較不同酶的糖基切割功能。7.**酶切時間**:EndoH的酶切時間通常為1-3小時,這有助于評估酶的效率。8.**產(chǎn)品信息**:通過查看產(chǎn)品信息,包括產(chǎn)品編號、規(guī)格和目錄價,可以了解EndoH的商業(yè)可用性和應(yīng)用范圍。通過這些方法,研究人員可以確保EndoH在糖鏈分析中的特異性和效率,從而獲得準(zhǔn)確的糖鏈結(jié)構(gòu)信息。Recombinant Mouse MCP-2/CCL8