空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域
空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關(guān)注的組織切片的免疫化學(xué)染色圖像進行整合，從而將組織內(nèi)不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)利用了常規(guī)的原位技術(shù)和組學(xué)技術(shù)兩方面的優(yōu)勢。目前已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有主要有 Spatial Transcriptomics, Slide-seq, LCM-seq, seqFISH, MERFISH, Liver single cell zonation, Geo-seq 和 Tomo-seq, 涉及物種有人、小鼠、果蠅、秀麗隱桿線蟲、斑馬魚、擬南芥、楊樹和云杉等。上海空間轉(zhuǎn)錄組有什么用Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細胞*的文章。
空間重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。基于LCM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細胞?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。
空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些？廣義上講，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類：用于空間重建的計算策略和組學(xué)實驗的組合，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進行直接測量，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量。每種方法都有其優(yōu)點和缺點?？臻g重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細胞?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學(xué)的適用方法。
盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術(shù)有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義等。天津生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組
空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域
1. 10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息；組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大，現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團隊，各種專業(yè)設(shè)備齊全。歐易生物是上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司的主營品牌，是專業(yè)的檢驗檢測服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。公司，擁有自己**的技術(shù)體系。我公司擁有強大的技術(shù)實力，多年來一直專注于檢驗檢測服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。的發(fā)展和創(chuàng)新，打造高指標(biāo)產(chǎn)品和服務(wù)。自公司成立以來，一直秉承“以質(zhì)量求生存，以信譽求發(fā)展”的經(jīng)營理念，始終堅持以客戶的需求和滿意為重點，為客戶提供良好的科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，從而使公司不斷發(fā)展壯大。