哈爾濱高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能：circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年，大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育、脅迫應(yīng)答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān)，并預(yù)測其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景，但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結(jié)合位點(diǎn)來充當(dāng)miRNA海綿作用，阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用，進(jìn)而間接調(diào)控miRNA下游靶基因的表達(dá)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。哈爾濱高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

全長轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制，因此在進(jìn)行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。上海靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有：1、可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例，加上對照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測試步驟：第1步就是把單個(gè)細(xì)胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個(gè)單細(xì)胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個(gè)細(xì)胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。這個(gè)里面“量”的概念很有意思。比如說單細(xì)胞量少，需要特殊處理。因?yàn)閱渭?xì)胞里面RNA的量少，所以說整個(gè)富集的過程中會(huì)出現(xiàn)一部分基因在一個(gè)細(xì)胞里能檢測到，在另外一個(gè)細(xì)胞里面檢測不到，而每個(gè)細(xì)胞里面的檢測存在一個(gè)隨機(jī)性，同時(shí)單細(xì)胞測序深度比較低，所以說分析時(shí)相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的。轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號。湖北靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析價(jià)格

轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列。哈爾濱高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對整個(gè)組織進(jìn)行測序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測，不是用一堆細(xì)胞測。哈爾濱高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

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