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轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念:轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的匯合,包括蛋白質(zhì)編碼的信使RNA和非編碼RNA(rRNA、tRNA和其他ncRNAs),高通量測序技術(shù)也被稱為下一代測序(NGS)技術(shù),推進(jìn)了基因組學(xué)的研究進(jìn)展。該項(xiàng)新技術(shù)除了研究靜態(tài)基因組,近年來也開始應(yīng)用于動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄分析,由此衍生的技術(shù)稱為RNA序列分析(RNA-seq)隨著DNA基因芯片技術(shù)的快速發(fā)展,開創(chuàng)了這個(gè)病癥近十年的高通量轉(zhuǎn)錄組研究。RNA-Seq技術(shù)可以從轉(zhuǎn)錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關(guān)軟件分析,鑒定相關(guān)改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經(jīng)過刷選,進(jìn)一步挑選出相關(guān)靶基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究,有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測。山東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念:普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA,然后建庫測序,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞,尤其是當(dāng)我們對整個(gè)組織進(jìn)行測序時(shí),它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序,相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異,展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài),所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測,不是用一堆細(xì)胞測。貴州宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序包括mRNA和非編碼RNA。
全轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫?全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個(gè)測序文庫,一個(gè)小RNA文庫和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,然后分別上機(jī)測序。小RNA長度較短,一般小于50nt,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可達(dá)幾萬,通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話,難度較大,組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標(biāo),差異基因的數(shù)目是不同的,從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標(biāo)基因?對不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象;根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道,挑選相關(guān)差異基因,不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義:轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計(jì)探針,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測,提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號,更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具?;诟咄繙y序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息,從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。貴州宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析
轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測范圍廣,高于6個(gè)數(shù)量級的動(dòng)態(tài)檢測范圍。山東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):10×genomics技術(shù):首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段,DNA的片段由三部分組成:Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個(gè)堿基的長度。一共有400萬種Barcode,一個(gè)微珠是對應(yīng)于一種Barcode,通過這400萬種Barcode,可以把凝膠微珠給區(qū)分開(通過barcode可以把cell分開)。UMI是一段隨機(jī)序列,也就是說每一個(gè)DNA分子,都有自己的UMI序列(一個(gè)微珠上有很多種UMI,通過UMI可以把RNA分子分開,并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量)。10個(gè)堿基長的UMI,有100萬種序列的變化(4^10=1,048,576),UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個(gè)原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實(shí)的SNP位點(diǎn)還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個(gè)細(xì)胞與單個(gè)凝膠微珠通過油相混在一起,形成油包水的小微滴。山東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
上海拜譜生物科技有限公司主要經(jīng)營范圍是商務(wù)服務(wù),擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場口碑。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個(gè)細(xì)節(jié),公司旗下多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)深受客戶的喜愛。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競爭力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識,遵守行業(yè)規(guī)范,植根于商務(wù)服務(wù)行業(yè)的發(fā)展。拜譜生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務(wù)、眾多的成功案例積累起來的聲譽(yù)和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。