蛋白質翻譯后修飾的檢測方法:質譜是蛋白質翻譯后修飾檢測的常用技術之一,可以用于已知和未知的翻譯后修飾檢測。蛋白質翻譯后修飾(post-translational modifications,PTMs),如磷酸化、乙?;⒎核鼗?、SUMO化、糖基化等,大幅度的增加了蛋白質組的復雜性。檢測蛋白質的翻譯后修飾,了解它們如何工作、影響蛋白質組和調控基因組將極大地提高我們對遺傳學和表觀遺傳學的理解。目標蛋白的PTMs研究通常需要一個富集步驟,因為修飾蛋白的豐度一般較低。大多數PTMs檢測方法都是結合富集策略開發(fā)的,以比較好的識別、驗證和研究目標蛋白中PTMs的功能。蛋白質的翻譯后修飾通過可逆的共價鍵將小分子或蛋白質與底物蛋白質上特定的氨基酸結合。蛋白質乙酰化修飾組學分析研究
蛋白質學組翻譯后修飾自下而上分析策略:常用的糖蛋白分離和富集技術有:a. 凝集素親和技術;b. 肼化學富集;c. 親水性相互作用色譜法;d. β-消除/邁克爾加成反應?;谫|譜的糖蛋白鑒定和糖基化位點測定方法有:a. PNGase F酶法;b. Endo H酶法;c. 三氟甲烷磺酸(TFMS)法。泛素化:泛素是一種由76個氨基酸組成的多肽,在真核生物中高度保守,可通過異肽鍵與目標蛋白賴氨酸殘基的氨基進行共價連接。泛素化蛋白的富集主要基于標記,泛素用親和標簽(通常為6xHis)進行標記,并通過鎳螯合色譜親和提取泛素化蛋白。由于泛素的C端為Arg-Gly-Gly結構,經胰蛋白酶水解后,Gly-Gly保留在修飾蛋白的肽鏈上,使肽的質量增加114,因此可作為泛素定位位點的質量標記。用HPLC對樣品進行預分離,使用針對特定殘留結構的抗體富集泛素化肽,可很大程度上提高泛素化蛋白的濃度。串聯(lián)質譜可以鑒定泛素化位點。武漢棕櫚?;揎椀鞍踪|組學價格乙?;揎検求w內高度保守的可逆轉的蛋白修飾。
翻譯后修飾蛋白的檢測方法:翻譯后修飾蛋白的檢測技術包括有免疫沉淀、western blot、質譜技術、體外生化分析等。其中,免疫沉淀是大多數翻譯后修飾檢測中的關鍵步驟,它利用蛋白特異性抗體或某種翻譯后修飾的特異性抗體來富集目標蛋白,之后再用western blot或質譜技術分析目標蛋白。Western blot和質譜技術均可用于蛋白質翻譯后修飾的下游檢測,其中Western blot相對簡單但依賴于特異性抗體且無法識別單個蛋白質變化,質譜則可以檢測包括未知PTM在內的幾乎所有的PTMs但成本更高需要專業(yè)知識來分析產生的大量數據。研究人員可以根據成本、有無可用抗體,以及有沒有目標等選擇合適的方法進行檢測。
蛋白質磷酸化修飾類型:根據磷酸氨基酸殘基的不同,可將磷酸化蛋白質分為4類,即O-磷酸鹽蛋白質、N-磷酸鹽蛋白質、?;姿猁}蛋白質和S-磷酸鹽蛋白質。1、O-磷酸鹽蛋白質通過羥氨基酸(如絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸)的磷酸化形成。2、 N-磷酸鹽蛋白質通過精氨酸、賴氨酸或組氨酸的磷酸化形成。3、 ?;姿猁}蛋白質通過天冬氨酸或谷氨酸的磷酸化形成。4、 S-磷酸鹽蛋白質通過半胱氨酸磷酸化形成。蛋白質磷酸化修飾鑒定方法:免疫印跡技術是在凝膠電泳和固相免疫測定技術基礎上發(fā)展起來的、根據特定抗原-抗體的特異性反應來檢測復雜樣品中的某種蛋白質的免疫生化分析方法。目前對乙?;揎椀墓δ苎芯恐饕性趯毎D錄調控,以及對代謝通路的調控這兩個方面。
蛋白質翻譯后修飾分析策略:早期蛋白質組研究的大部分工作集中在細胞生長的不同時期,或疾病或有絲分裂原刺激后的蛋白質表達水平的變化。然而,許多生命過程不只受蛋白質的相對豐度控制,還受時空分布可逆的翻譯后修飾控制。因此,揭示翻譯后修飾的規(guī)律是了解蛋白質復雜性和多樣的生物學功能的前提。蛋白質的翻譯后修飾是一個復雜的過程。目前,發(fā)現的比較常見的修飾類型是糖基化、泛素化和磷酸化。樣品中翻譯后修飾蛋白質含量低、動態(tài)范圍廣給相關研究帶來了很大的挑戰(zhàn)。基于翻譯后修飾蛋白的異質性和相對豐度低的特點,主要利用凝膠、生物質譜和生物信息學工具對其進行研究。用于PTM分析的質譜方法類似于用于“常規(guī)”蛋白質鑒定的方法,包括自下而上、自中而下和自上而下的蛋白質組學分析。在眾多乙酰化修飾的蛋白質中,研究較多的要數細胞核中包圍DNA的組蛋白了。濟南蛋白質乙?;揎椊M學有哪些
蛋白質磷酸化修飾怎么定義?蛋白質乙酰化修飾組學分析研究
蛋白質泛素化修飾組學技術:泛素化修飾是一種重要的翻譯后修飾。泛素-蛋白酶體系統(tǒng)介導了真核生物體內80%~85%的蛋白質降解。此外,泛素化修飾還可以直接影響蛋白質的活性和定位,調控包括細胞周期、細胞凋亡、轉錄調控、DNA 損傷修復以及免疫應答等在內的多種細胞活動。樣品要求:1、SDS-PAGE條帶:5個以上可見考染條帶。2、溶液(目標蛋白質):目標蛋白總量>50μg,目標蛋白濃度>80%。3、溶液(大規(guī)模混合蛋白質):蛋白總量>1mg,蛋白濃度>1μg/μl。蛋白質乙?;揎椊M學分析研究
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