如何獲得高質(zhì)量GC/MS代謝組學(xué)數(shù)據(jù)？實驗設(shè)計先不談，在儀器分析階段，若想獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)，有以下幾個方面需要注意。1）前處理方法的一致性。不同實驗人員操作方式不盡相同。因此，一個項目應(yīng)當只由一個人負責(zé)前處理。推薦使用自動衍生設(shè)備，以減少人為的誤差。2）檢測之前需確保儀器處于比較好工作狀態(tài)。儀器的控制軟件都有系統(tǒng)自檢功能，可以快速便捷地核查質(zhì)譜儀器的狀態(tài)。但更重要的是氣相色譜狀態(tài)，推薦使用一組混標作為儀器質(zhì)控。在每一個項目開始之前，先進行質(zhì)控樣檢測，確認氣相色譜的分離度和質(zhì)譜的整體響應(yīng)。3）后期數(shù)據(jù)矯正，特別是對于大樣本項目。我們可以在檢測序列中加入隨行質(zhì)控樣本（每個樣品取少量后混合），在后期數(shù)據(jù)處理時，使用質(zhì)控樣本結(jié)合如LOESS之類的算法對整體數(shù)據(jù)進行矯正。代謝組學(xué)的代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目。貴州LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)研究
代謝組學(xué)發(fā)展前景：較低的費用，是促使代謝組學(xué)在臨床上易于接受的另一個原因。與其他“組學(xué)”研究相比，代謝組學(xué)的費用更低，研究人員可以通過代謝組學(xué)研究篩檢出代謝產(chǎn)物，然后采用更昂貴的基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的方法對有意義的代謝產(chǎn)物進一步加以研究。首先，必須識別出代謝產(chǎn)物，這并不是簡單的工作。代謝組學(xué)研究比較大的挑戰(zhàn)就在于對代謝產(chǎn)物的識別，這也是比較有趣的方面，而更具挑戰(zhàn)性的工作，是進一步確認所有代謝物的功能。此外，質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn)，代謝產(chǎn)物的同質(zhì)性不高，由于缺乏均勻性，使色譜分析變得更加困難，無法識別出樣品中的未知物質(zhì)。貴陽脂質(zhì)代謝組學(xué)多鑒定相比于其他組學(xué)，代謝組學(xué)有哪些特殊的優(yōu)勢？
GC-MS非靶向與代謝組學(xué)的關(guān)系？代謝組學(xué)是運用多種技術(shù)手段，研究生物體系中小分子代謝物（包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂質(zhì)等）的種類、數(shù)量及變化規(guī)律的科學(xué)，是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。其中GC-MS非靶向代謝組學(xué)是對生物體內(nèi)源性代謝物進行系統(tǒng)全方面的分析平臺。氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(GC-MS)技術(shù)因為其較為成熟、分辨率高、靈敏度高、重現(xiàn)性好，擁有大量標準質(zhì)譜圖數(shù)據(jù)庫的特點，被大量地運用在植物、動物、微生物的研究中。隨著信息科學(xué)和分析技術(shù)的發(fā)展，運用GC-MS非靶向代謝組學(xué)研究疾病機制和發(fā)現(xiàn)藥物靶點的方法日趨成熟，其重要性也日益凸顯。GC-MS非靶向代謝組學(xué)也在代謝性疾病等藥物靶點、疾病機制研究和藥物靶點發(fā)現(xiàn)中提供重要參考和啟示。
靶向代謝組學(xué)分析成功的關(guān)鍵因素是準確度、高通量和可靠性。靶向代謝組學(xué)鑒定一般采用 GC/MS 系統(tǒng)的選擇性離子監(jiān)測 (SIM)，或在三重串聯(lián)四極桿 LC/MS 系統(tǒng)上用多反應(yīng)離子監(jiān)測 (MRM) 進行靶向 MS/MS。SIM 比全掃描圖譜采集具有更高的靈敏度，在單四極桿質(zhì)譜中,這種靈敏度增強的原因是延長了所選擇離子的采集時間。因為監(jiān)測的是一個很小的質(zhì)量窗口，所以質(zhì)量色譜圖只表示對極為特定質(zhì)量的檢測。在大多數(shù)情況下，靈敏度可以提高 10 倍。MRM 是進行質(zhì)譜定量的選擇方法，與 SIM 相比更為靈敏、更加特異?？梢援a(chǎn)生獨特的碎片離子，可對非常復(fù)雜基質(zhì)中的目標化合物進行監(jiān)測和定量。代謝組學(xué)效仿了基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的研究思想。
藥物代謝和代謝組學(xué)區(qū)別：代謝組學(xué)與藥物代謝不同是它關(guān)注的對象不是外源性的藥物而是生物體本身就有的內(nèi)源性代謝物。這些代謝物是糖，脂肪，蛋白質(zhì)，核酸，膽汁酸等等代謝得到的。還有共生菌代謝的，是一個龐大的混合物。目的是通過樣本的對比，發(fā)現(xiàn)潛在標志物，指導(dǎo)疾病早期診斷甚至基因水平的研究。而藥物代謝的目標是只要只要追蹤到這種藥物分子在體內(nèi)變化就好，相當具有靶向性，因此使用的技術(shù)手段就是LC-MS。檢測藥物的中間體，和具體的藥效，藥代動的效應(yīng)。代謝組學(xué)是繼基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)之后新近發(fā)展起來的一門學(xué)科。杭州植物靶向代謝組學(xué)定性分析
代謝組學(xué)著重研究的是生物整體、組織代謝途徑及其所受內(nèi)在或者外在因素的影響及隨時間變化的規(guī)律。貴州LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)研究
代謝組學(xué)比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法：多變量分析：多變量分析方法能同時處理數(shù)百或數(shù)千個變量，并且能處理變量之間的相互關(guān)系。利用變量之間的協(xié)方差或相關(guān)性，使原始數(shù)據(jù)在較低維空間上的投影能盡可能地捕獲數(shù)據(jù)中的信息。但是如果存在大量無信息變量可能會妨礙多變量分析的能力，無信息變量的數(shù)量越多，減少真陽性數(shù)量的效果就越明顯。多變量分析分為無監(jiān)督分析方法和有監(jiān)督分析方法。在代謝組學(xué)分析中無監(jiān)督學(xué)習(xí)有主成分分析只需要數(shù)據(jù)集X，而有監(jiān)督分析方法主要是偏比較小二乘判別分析和正交偏比較小二乘判別分析，這類方法在分析時除了需要數(shù)據(jù)集X，還需對樣品進行指定并分組, 這樣分組后模型將自動加上另外一個隱含的數(shù)據(jù)集Y，通常Y的賦值用-1/1或者0/1表示類別信息。貴州LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)研究
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