山東外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式，用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等。基因網(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能，基因間的相互作用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序包括mRNA和非編碼RNA。山東外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達(dá)信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動(dòng)植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?，F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。廣州轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用基于高通量測(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。

RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對(duì)該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序有什么樣的樣品要求？

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針，測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA。基因組學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？廣州轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針。山東外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

全轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)優(yōu)勢(shì)：文庫優(yōu)化：針對(duì)不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全：全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數(shù)據(jù)，可對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全：通過對(duì)mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測(cè)定及后續(xù)分析，深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(ceRNA網(wǎng)絡(luò))分析。樣本類型：細(xì)胞，組織，體液、血清、血漿、全血，總RNA等。建議總RNA起始量：＞15μg，濃度≥200ng/μL）。山東外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

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