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circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制:circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類(lèi)為:依賴(lài)于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn),索尾插接形成環(huán)化,然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列,首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體,再通過(guò)可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?;蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì),然后通過(guò)可變剪切形成不同類(lèi)型的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。哈爾濱宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組領(lǐng)域
轉(zhuǎn)錄組學(xué):轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指利用高通量測(cè)序方法,研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA,用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達(dá)、結(jié)構(gòu)的差異,闡明分子機(jī)制。應(yīng)用領(lǐng)域:醫(yī)學(xué)研究:疾病標(biāo)志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復(fù)發(fā)診斷、病因與病理機(jī)制探究、臨床療效評(píng)價(jià)、藥物毒理學(xué)評(píng)價(jià)。生命科學(xué)研究:非生物環(huán)境關(guān)系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應(yīng)用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應(yīng)用。湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度。
普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類(lèi):一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么?需要幾個(gè)重復(fù)?生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外,至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí),通過(guò)對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制,盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無(wú)關(guān)的背景條件控制在同一水平,減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過(guò)構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)(一是小RNA測(cè)序文庫(kù)、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù))是可以測(cè)到以上4種RNA的。
轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見(jiàn)設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟,從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成,又可以在專(zhuān)業(yè)公司進(jìn)行。概括來(lái)看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單,序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢,可以作為剛開(kāi)始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點(diǎn)。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學(xué)功能,如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來(lái)研究發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA可以通過(guò)海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,從而影響瘤耐藥過(guò)程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn),以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶,進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實(shí)通過(guò)干擾環(huán)狀RNA的表達(dá),可以提高瘤對(duì)藥物的敏感性,提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn)。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。哈爾濱宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組領(lǐng)域
什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序?哈爾濱宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組領(lǐng)域
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。優(yōu)勢(shì):高通量、更精確的數(shù)字信號(hào);在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè);分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí),還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本;準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向:植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù);炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù);表達(dá)差異的研究;基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。哈爾濱宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組領(lǐng)域
上海拜譜生物科技有限公司致力于商務(wù)服務(wù),以科技創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)***管理的追求。拜譜生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專(zhuān)業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),以高度的專(zhuān)注和執(zhí)著為客戶提供多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)。拜譜生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長(zhǎng),又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。拜譜生物始終關(guān)注商務(wù)服務(wù)行業(yè)。滿足市場(chǎng)需求,提高產(chǎn)品價(jià)值,是我們前行的力量。