廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-12-25

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序有什么樣的樣品要求?(1)樣品純度要求:OD值應(yīng)在1.8至2.2之間;電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。(2)樣品濃度:totalRNA濃度不低于400ng/μg。(3)totalRNA樣品請(qǐng)置于-20℃保存;請(qǐng)?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積、制備時(shí)間、溶劑名稱及物種來源。請(qǐng)同時(shí)附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)。(4)樣品請(qǐng)置于1.5ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間,管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點(diǎn)。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合,表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者,蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究,可以從整體上解釋生物學(xué)問題,探究生物體生理和疾病機(jī)理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究:利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。湖北IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)靈敏度高,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。

什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而狹義轉(zhuǎn)錄組是指可直接參與翻譯蛋白質(zhì)的mRNA總和.研究生物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組的發(fā)生和變化規(guī)律的科學(xué)就稱為轉(zhuǎn)錄組學(xué)(tran—scriptomics)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟,從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成,又可以在專業(yè)公司進(jìn)行。概括來看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單,序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢,可以作為剛開始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì):相比基因芯片和標(biāo)記的堿基序列的測(cè)序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測(cè)量基因的表達(dá)水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái),轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針,即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè),提供更精確的數(shù)字化信號(hào)、更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強(qiáng)大工具。鑒于這些優(yōu)勢(shì),RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個(gè)方面。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用:RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析(質(zhì)控,mapping,差異基因表達(dá)分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,不同物種:研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn):基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?;蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異,疾病相關(guān),處理相關(guān)的基因表達(dá)模式,用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等?;蚓W(wǎng)絡(luò)和通路:基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能,基因間的相互作用。廣東高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)質(zhì)譜鑒定

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