單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：Anydeplete技術(shù)首先通過(guò)隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類(lèi)似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類(lèi)似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類(lèi)似物，用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫(kù)后，設(shè)計(jì)特異性引物與rRNA形成文庫(kù)結(jié)合，一輪退火延伸，rRNA文庫(kù)形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點(diǎn)，當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點(diǎn)被識(shí)別，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫(kù)不帶有完整的接頭，而其他文庫(kù)帶有完整接頭，通過(guò)PCR擴(kuò)增富積既能得到想要的信息，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣，包含分子標(biāo)簽，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有 RNA 的學(xué)科。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn)，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)： Anydeplete技術(shù)首先通過(guò)隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類(lèi)似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類(lèi)似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類(lèi)似物，用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫(kù)后，設(shè)計(jì)特異性引物與rRNA形成文庫(kù)結(jié)合，一輪退火延伸，rRNA文庫(kù)形成雙鏈結(jié)構(gòu)。上海外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對(duì)象，避開(kāi)了微生物分離培養(yǎng)困難的問(wèn)題。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì)：（1）可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題；（2）靈敏度高，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。（4）檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：?jiǎn)渭?xì)胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細(xì)胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增：RNA測(cè)序需要0.1-1.0ug total RNA，捕獲效率10%（5-**NA測(cè)序需要1ng DNA，極限稀釋加移液分離單細(xì)胞；顯微操作分選單細(xì)胞；流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞；激光切割實(shí)體組織；微流控技術(shù)；磁珠捕獲，主要用于CTC。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA，然后建庫(kù)測(cè)序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。轉(zhuǎn)錄組具有空間特異性的特點(diǎn)。
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋?zhuān)?、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān)，因此，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)是什么？宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱(chēng)為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時(shí)期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機(jī)理。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)。北京轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析價(jià)格
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能：circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中，具有組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年，大量的研究表明circRNA在生物的生長(zhǎng)發(fā)育、脅迫應(yīng)答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān)，并預(yù)測(cè)其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)用前景，但其生物學(xué)功能在很大程度上仍然未知。目前認(rèn)可度比較高的circRNA生物學(xué)功能。circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類(lèi)為：依賴(lài)于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′ 供體的位點(diǎn)連接到上游的3′ 受體的位點(diǎn)，索尾插接形成環(huán)化，然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法