蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)方法:等電聚焦:等電聚焦(isoelectric focusing,IEF)是一種利用有pH梯度的介質(zhì)分離等電點(diǎn)不同的蛋白質(zhì)的電泳技術(shù)。等電聚焦凝膠電泳依據(jù)蛋白質(zhì)分子的靜電荷或等電點(diǎn)進(jìn)行分離,等電聚焦中,蛋白質(zhì)分子在含有載體兩性電解質(zhì)形成的一個(gè)連續(xù)而穩(wěn)定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質(zhì)是脂肪族多氨基多羧酸,在電場(chǎng)中形成正極為酸性,負(fù)極為堿性的連續(xù)的pH梯度。蛋白質(zhì)分子在偏離其等電點(diǎn)的pH條件下帶有電荷,因此可以在電場(chǎng)中移動(dòng);當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)遷移至其等電點(diǎn)位置時(shí),其靜電荷數(shù)為零,在電場(chǎng)中不再移動(dòng),據(jù)此將蛋白質(zhì)分離。蛋白質(zhì)組學(xué)研究是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時(shí)代的特征。哈爾濱定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)主要技術(shù)
Labelfree非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)特點(diǎn):(1)不需要標(biāo)記處理,操作簡(jiǎn)單,成本低、實(shí)驗(yàn)周期短;(2)每個(gè)樣品單獨(dú)處理、上機(jī);(3)可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量,樣品類型不受限制;(4)對(duì)單個(gè)樣品的蛋白總量要求相對(duì)較低,對(duì)于組織本身蛋白量不高,可以選擇Label-Free,適用于一些難收集樣品;(5)定性沒有問題,但是定量的準(zhǔn)確性較標(biāo)記定量稍差,會(huì)受到質(zhì)譜穩(wěn)定性等因素的影響;(6)適合于大樣本量的定量比較(大于24個(gè)樣本)。蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用:蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。浙江PRM定量蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程蛋白質(zhì)組的概念指由一個(gè)基因組,或一個(gè)細(xì)胞、組織表達(dá)的所有蛋白質(zhì)。
蛋白質(zhì)組的研究不但能為生命活動(dòng)規(guī)律提供物質(zhì)基礎(chǔ),也能為眾多種疾病機(jī)理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過對(duì)正常個(gè)體及病理個(gè)體間的蛋白質(zhì)組比較分析,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質(zhì)分子”,它們可成為新藥物設(shè)計(jì)的分子靶點(diǎn),或者也會(huì)為疾病的早期診斷提供分子標(biāo)志。確實(shí),那些世界范圍內(nèi)銷路比較好的藥物本身是蛋白質(zhì)或其作用靶點(diǎn)為某種蛋白質(zhì)分子。因此,蛋白質(zhì)組學(xué)研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業(yè)帶來巨大的利益。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時(shí)代的特征。
蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱量?不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求,按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱量,項(xiàng)目開展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測(cè)定,后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測(cè),但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求。常規(guī)定量蛋白組實(shí)驗(yàn)的主要步驟有哪些,數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些?實(shí)驗(yàn)步驟:首先獲得生物學(xué)樣本,然后進(jìn)行蛋白提取,定量,SDS-PAGE跑膠質(zhì)控,還原烷基化,酶解,獲得肽段,(標(biāo)記+分組分),上機(jī)檢測(cè),搜庫軟件搜庫,數(shù)據(jù)分析;數(shù)據(jù)分析:主要分為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析、?級(jí)數(shù)據(jù)分析和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析三個(gè)部分?;A(chǔ)分析主要包括差異表達(dá)蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細(xì)胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在農(nóng)業(yè)生物科研領(lǐng)域的應(yīng)用為作物生長(zhǎng)發(fā)育、病蟲害防治、遺傳育種、等方面發(fā)揮重要的作用。
iTRAQ/TMT 標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué):iTRAQ 和 TMT 技術(shù)采用多種同位素標(biāo)記,可與氨基反應(yīng)實(shí)現(xiàn)連接,實(shí)現(xiàn)多個(gè)樣本蛋白組的定性與定量。技術(shù)優(yōu)點(diǎn):適用范圍廣、高通量、結(jié)果可靠。靈敏度高,分離能力強(qiáng),自動(dòng)化程度高。 Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué):Label Free 技術(shù)不依賴同位素標(biāo)記,可通過液質(zhì)聯(lián)用對(duì)蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行分析,分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù),對(duì)被檢測(cè)到的離子峰強(qiáng)度進(jìn)行積分,以積分面積進(jìn)行相對(duì)定量。蛋白質(zhì)組學(xué),指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。對(duì)人類而言,蛋白質(zhì)組學(xué)的研究要服務(wù)于人類的健康,主要指促進(jìn)分子醫(yī)學(xué)的發(fā)展。如尋找藥物的靶分子。廣州DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析價(jià)格
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有飛行時(shí)間質(zhì)譜。哈爾濱定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)主要技術(shù)
蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略:蛋白質(zhì)組學(xué)研究主要分為自底向上(Bottom-Up),自頂向下(Top-Down)和自中向下(Middle-Down)三種策略?!白缘紫蛏稀辈呗允侵竿ㄟ^分析由蛋白質(zhì)酶解生成的肽段來鑒定蛋白質(zhì)。當(dāng)應(yīng)用該策略來分析蛋白質(zhì)組混合物時(shí),因其類似于基因組測(cè)序的鳥管法,所以又被稱為鳥管法蛋白質(zhì)組學(xué)(Shotgun Proteomics),該策略依賴于蛋白酶的酶切?!白灾邢蛳隆辈呗砸惨蕾囉诘鞍酌傅拿盖?,但是由于采用了另外的酶,比如OmpT,只能酶切(Lys/Arg-Lys/Arg),因此酶切之后的分子量較大,更利于后續(xù)的蛋白組裝環(huán)節(jié)。哈爾濱定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)主要技術(shù)