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泛素化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)原理:盡管質(zhì)譜儀器的分析能力近年來(lái)有了長(zhǎng)足的發(fā)展,但是由于蛋白翻譯后修飾化學(xué)計(jì)量值低、復(fù)雜性大,直接將蛋白組(如全細(xì)胞裂解產(chǎn)物,組織勻漿產(chǎn)物或全血清蛋白)的酶解肽段送入質(zhì)譜鑒定和定量PTM是非常困難的。因此,很多翻譯后修飾的富集方法會(huì)被采用,來(lái)提高樣品中PTM肽段的豐度和相對(duì)比例,從而提高了質(zhì)譜對(duì)翻譯后修飾位點(diǎn)的鑒定效率。研究發(fā)現(xiàn)在泛素化修飾的蛋白在tyrpsin的作用下都會(huì)產(chǎn)生diGly位點(diǎn)?;谶@一特異性,利用針對(duì)蛋白質(zhì)翻譯后修飾(PTM)基序(motif)抗體,在肽段水平上免疫親和富集帶有泛素化修飾的肽段,利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)進(jìn)行定量分析,能夠快速、準(zhǔn)確、高通量地分析多種疾病相關(guān)信號(hào)通路關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)蛋白修飾的變化,滿足創(chuàng)新性研究、生物標(biāo)志物鑒定、藥物靶點(diǎn)篩選和評(píng)價(jià)的需求。磷酸化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)是原核生物和真核生物中比較重要的調(diào)控修飾形式。湖北琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域
蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué):是植物體內(nèi)比較常見(jiàn)的PTM修飾手段。它是指通過(guò)蛋白激酶和磷酸酶的作用在特定絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸的羥基上添加或去除一個(gè)或多個(gè)磷酸基團(tuán),進(jìn)而有效地改變底物蛋白的結(jié)構(gòu)和活性。在植物體內(nèi)主要參與植物溫度脅迫、鹽脅迫、干旱脅迫、養(yǎng)分脅迫調(diào)控等大多數(shù)代謝和生理途徑。蛋白質(zhì)磷酸化對(duì)于許多生物現(xiàn)象的引發(fā)是很必要的,包括細(xì)胞生長(zhǎng)、增殖、泛素(ubiquitin)介導(dǎo)的蛋白降解等過(guò)程。特別是酪氨酸磷酸化,作為細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和酶活性調(diào)控的一種主要方式,通常通過(guò)引發(fā)蛋白質(zhì)之間的相互作用,進(jìn)而介導(dǎo)生長(zhǎng)因子和細(xì)胞因子等對(duì)細(xì)胞膜上受體的信號(hào)調(diào)控。湖北琥珀酰化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域糖基化蛋白質(zhì)翻譯修飾組學(xué)主要在復(fù)雜的多細(xì)胞或組織形成過(guò)程中起關(guān)鍵作用。
泛素化修飾PRM定量驗(yàn)證:原理: 泛素化修飾是一種重要的翻譯后修飾。泛素-蛋白酶體系統(tǒng)介導(dǎo)了真核生物體內(nèi)80%~85%的蛋白質(zhì)降解。此外,泛素化修飾還可以直接影響蛋白質(zhì)的活性和定位,調(diào)控包括細(xì)胞周期、細(xì)胞凋亡、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、DNA 損傷修復(fù)以及免疫應(yīng)答等在內(nèi)的多種細(xì)胞活動(dòng)。首先對(duì)泛素化的蛋白進(jìn)行胰酶消化,在賴氨酸的修飾位點(diǎn)上會(huì)產(chǎn)生兩個(gè)甘氨酸的殘基(K-GG),利用對(duì)泛素化賴氨酸(K-GG)具有高親和力的基序抗體,特異性富集復(fù)雜樣本中的泛素化肽段,結(jié)合LC-MS/MS蛋白質(zhì)定量方法,實(shí)現(xiàn)大規(guī)模泛素化蛋白質(zhì)定性定量分析。
琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組鑒定:蛋白質(zhì)琥珀酰化修飾是新近發(fā)現(xiàn)的一種蛋白質(zhì)翻譯后修飾,是在琥珀酰輔酶 A 的介導(dǎo)下將一個(gè)負(fù)電荷四碳琥珀?;D(zhuǎn)移到賴氨酸殘基的伯胺上的過(guò)程。賴氨酸琥珀?;谡婧思?xì)胞及原核細(xì)胞中普遍存在,參與調(diào)控包括三羧酸循環(huán),氨基酸代謝以及脂肪酸代謝在內(nèi)的多個(gè)代謝信號(hào)通路。琥珀?;鞍踪|(zhì)組以組織、細(xì)胞等較為復(fù)雜樣本為研究對(duì)象,目的在于鑒定樣品中發(fā)生琥珀?;揎椀牡鞍踪|(zhì)以及相應(yīng)的琥珀?;揎椢稽c(diǎn)。琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組技術(shù)特點(diǎn):采用主流抗體親和富集方法,特異性高,富集效率好。蛋白質(zhì)翻譯后修飾在許多細(xì)胞過(guò)程中起著關(guān)鍵作用。
乙?;揎椀鞍捉M學(xué)應(yīng)用方向:1、乙酰化修飾與細(xì)胞基因表達(dá)調(diào)控、表觀調(diào)控、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞代謝、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性等生理過(guò)程研究。2、乙?;鸬拇x疾病、代謝紊亂發(fā)生等疾病機(jī)理研究。乙?;飳W(xué)意義:1、調(diào)節(jié)DNA-蛋白、蛋白-蛋白相互作用;2、與其他PTMs發(fā)生crosstalk;3、調(diào)節(jié)酶活性;4、調(diào)控蛋白亞細(xì)胞定位。生物領(lǐng)域各個(gè)研究方面,如:1、農(nóng)林領(lǐng)域:抗逆脅迫機(jī)制,生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,育種保護(hù)研究等;2、 畜牧業(yè):肉類及乳品質(zhì)研究,致病機(jī)理研究等。蛋白質(zhì)磷酸化修飾可應(yīng)用于食品工業(yè)方面。濟(jì)南蛋白質(zhì)亞硝基化修飾組學(xué)費(fèi)用
蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)對(duì)于蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)及研究對(duì)闡明蛋白質(zhì)的功能具有重要作用。湖北琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域
蛋白質(zhì)翻譯后修飾自中而下分析策略:自中而下的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同,直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后,用GluC進(jìn)行消化。然后用弱陽(yáng)離子交換/親水相互作用色譜(WCX-HILIC)與配備電子轉(zhuǎn)移解離(ETD)的高分辨率質(zhì)譜聯(lián)機(jī)聯(lián)用,對(duì)樣品進(jìn)行理想的分離。譜識(shí)別可以用傳統(tǒng)的軟件進(jìn)行,但是由于估計(jì)適當(dāng)?shù)腻e(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率的問(wèn)題,需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾。自上而下分析策略:自上而下的技術(shù)可以直接引入完整的蛋白質(zhì)并在串聯(lián)質(zhì)譜儀上對(duì)其進(jìn)行片段化,不需要蛋白質(zhì)水解消化。目前,有兩種完全分離蛋白質(zhì)的方法:離線和在線。前者用四維分離法,后者用WCX-HILIC。湖北琥珀?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域