四川高通量轉(zhuǎn)錄組學質(zhì)譜分析

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢：相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況，還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型，并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉(zhuǎn)錄組測序無需預先針對已知序列設計探針，即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測，提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究復雜性轉(zhuǎn)錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢，RNA-Seq很快就被應用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個方面。轉(zhuǎn)錄組是干什么用的，和表達譜有什么區(qū)別？四川高通量轉(zhuǎn)錄組學質(zhì)譜分析

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢：相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況，還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型，并為選擇性拼接亞型提供定量分析。轉(zhuǎn)錄組學(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科，從RNA水平研究基因的表達情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來研究基因表達量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預測新的轉(zhuǎn)錄本等等。四川高通量轉(zhuǎn)錄組學質(zhì)譜分析轉(zhuǎn)錄學組測序可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測。

全轉(zhuǎn)錄組學測序技術(shù)優(yōu)勢：文庫優(yōu)化：針對不同長度的序列采用兩種文庫構(gòu)建方法，采用去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。數(shù)據(jù)全：全轉(zhuǎn)錄組測序完成后可獲取4類主要RNA（miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA）數(shù)據(jù)，可對這些數(shù)據(jù)進行標準分析及整合分析。關(guān)聯(lián)全：通過對mRNA/miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續(xù)分析，深入開展全轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(ceRNA網(wǎng)絡)分析。樣本類型：細胞，組織，體液、血清、血漿、全血，總RNA等。建議總RNA起始量：＞15μg，濃度≥200ng/μL）。

轉(zhuǎn)錄組學研究的方法：在早期，由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學研究者只能進行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達研究。近十幾年，分子生物學技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學的研究奠定了基礎。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達序列標簽技術(shù)、基因表達系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測序技術(shù)、RNA測序技術(shù)其中，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來的先驅(qū)技術(shù)，SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉(zhuǎn)錄組學研究方法轉(zhuǎn)錄組學研究有助于了解特定生命過程中相關(guān)基因的整體表達情況，進而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡及其調(diào)控機理。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性的特點。

全轉(zhuǎn)錄組測序為什么需要構(gòu)建兩個文庫？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么？浙江外泌體轉(zhuǎn)錄組學研究

轉(zhuǎn)錄組學即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。四川高通量轉(zhuǎn)錄組學質(zhì)譜分析

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢有：1、可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度;2、靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣，能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學是需要生物學重復的，至少需要兩次生物學重復，3次以上的生物學重復更好。以3個重復為例，加上對照的三個生物學重復，一次RNA-seq需要6個樣本。四川高通量轉(zhuǎn)錄組學質(zhì)譜分析