杭州TMT／iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法

定量N-糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)：蛋白質(zhì)的N-糖基化位點(diǎn)修飾是重要的蛋白質(zhì)翻譯后修飾之一，主要在復(fù)雜的多細(xì)胞或組織形成過(guò)程中起關(guān)鍵作用。蛋白質(zhì)的N-糖基化修飾位點(diǎn)具有保守的氨基酸序列NX（S/T）（其中X為除脯氨酸以外的其它氨基酸）凝集素親和法是目前糖蛋白質(zhì)組學(xué)中應(yīng)用普遍的分離富集方法。凝集素（lectin）是一類(lèi)糖結(jié)合蛋白質(zhì)，能專(zhuān)一識(shí)別某一特殊結(jié)構(gòu)的單糖或聚糖中特定的糖基序列而與之結(jié)合，它們與糖鏈可逆非共價(jià)結(jié)合，糖蛋白或糖肽被凝集素捕獲之后，通常用特定的單糖通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合凝集素將糖蛋白或糖肽洗脫下來(lái)。蛋白質(zhì)經(jīng)過(guò)酶解后利用lectin 富集 N- 糖基化肽段，然后用 N- 糖酰胺酶（PNGase）在 H218O 中切除連接在天冬酰胺殘基（Asn）上的糖鏈。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有電噴霧質(zhì)譜。杭州TMT／iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法

PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué)：是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù)，首先利用四級(jí)桿質(zhì)量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子，隨后在collisioncell中對(duì)母離子進(jìn)行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二級(jí)質(zhì)譜中檢測(cè)所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進(jìn)行選擇性檢測(cè)，即可對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行相對(duì)(一定)定量。從而實(shí)現(xiàn)對(duì)復(fù)雜樣本中的目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行準(zhǔn)確地特異性分析。武漢定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)分析方法蛋白質(zhì)組具有很高的細(xì)胞和組織特異性，不同的細(xì)胞組織表達(dá)不同的蛋白質(zhì)組。

蛋白質(zhì)組學(xué)，指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對(duì)蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展為這些研究提供了有力的技術(shù)支撐，使得許多有實(shí)際應(yīng)用的蛋白質(zhì)組功能研究成為可能，包括翻譯后修飾的整體分析，蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的重建和模式生物蛋白表達(dá)譜的定量研究；在臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中也越來(lái)越多地應(yīng)用到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。

蛋白質(zhì)組學(xué)的分析介紹：蛋白質(zhì)組學(xué)的分析主要指蛋白的生信分析，依賴(lài)于數(shù)據(jù)庫(kù)的建立?，F(xiàn)在常用的蛋白質(zhì)組學(xué)生信分析有GO功能分析和KEGG通路分析。GO（gene ontology）是基因本體聯(lián)合會(huì)（Gene Onotology Consortium）所建立的數(shù)據(jù)庫(kù)。根據(jù)基因產(chǎn)物的相關(guān)分子功能、生物學(xué)途徑、細(xì)胞組分而給予定義，無(wú)物種相關(guān)性。是系統(tǒng)分析基因功能，它將基因組的信息與基因功能聯(lián)系起來(lái)，旨在揭示生命現(xiàn)象的遺傳與化學(xué)藍(lán)圖。旨在借助計(jì)算機(jī)全方面地展示細(xì)胞和生物所包含的生物學(xué)信息；根據(jù)基因組中的信息，用計(jì)算機(jī)計(jì)算或者預(yù)測(cè)出比較復(fù)雜的細(xì)胞中的通路或者生物的復(fù)雜行為。蛋白質(zhì)組學(xué)是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。

常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)：Labelfree多肽組學(xué)：顧名思義，就是不使用任何標(biāo)記方法，直接對(duì)肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡(jiǎn)單，只需要對(duì)蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計(jì)數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過(guò)，由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測(cè)，所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)：TMT全稱(chēng)是TandemMassTag，是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑，普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽，與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng)，可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對(duì)6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。（目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù)）。蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。上海醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)研究

蛋白質(zhì)組的概念指由一個(gè)基因組，或一個(gè)細(xì)胞、組織表達(dá)的所有蛋白質(zhì)。杭州TMT／iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法

蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱(chēng)量？不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱(chēng)量，項(xiàng)目開(kāi)展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測(cè)定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測(cè)，但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求。常規(guī)定量蛋白組實(shí)驗(yàn)的主要步驟有哪些，數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些？實(shí)驗(yàn)步驟：首先獲得生物學(xué)樣本，然后進(jìn)行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑膠質(zhì)控，還原烷基化，酶解，獲得肽段，（標(biāo)記+分組分），上機(jī)檢測(cè)，搜庫(kù)軟件搜庫(kù)，數(shù)據(jù)分析；數(shù)據(jù)分析：主要分為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析、?級(jí)數(shù)據(jù)分析和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析三個(gè)部分?；A(chǔ)分析主要包括差異表達(dá)蛋白篩選、層次聚類(lèi)分析分析、COG注釋分析、亞細(xì)胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。杭州TMT／iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法