上海丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)研究

來源: 發(fā)布時間:2022-04-02

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾分析自中而下分析策略:自中而下的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同,直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后,用GluC進(jìn)行消化。然后用弱陽離子交換/親水相互作用色譜(WCX-HILIC)與配備電子轉(zhuǎn)移解離(ETD)的高分辨率質(zhì)譜聯(lián)機(jī)聯(lián)用,對樣品進(jìn)行理想的分離。譜識別可以用傳統(tǒng)的軟件進(jìn)行,但是由于估計(jì)適當(dāng)?shù)腻e誤發(fā)現(xiàn)率的問題,需要對結(jié)果進(jìn)行過濾。自上而下的技術(shù)可以直接引入完整的蛋白質(zhì)并在串聯(lián)質(zhì)譜儀上對其進(jìn)行片段化,不需要蛋白質(zhì)水解消化。目前,有兩種完全分離蛋白質(zhì)的方法:離線和在線。前者用四維分離法,后者用WCX-HILIC。蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的功能。上海丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)研究

蛋白質(zhì)磷酸化修飾定義?在哺乳動物細(xì)胞生命周期中,大約有1/3的蛋白質(zhì)發(fā)生過磷酸化修飾,在脊椎動物基因中,約有5%的基因編碼的蛋白質(zhì)是參與磷酸化和去磷酸化過程的蛋白激酶和磷酸酶。它可以通過激發(fā)、調(diào)節(jié)諸多信號通路進(jìn)而參與調(diào)控生物體的生長、發(fā)育、逆境應(yīng)激、疾病發(fā)生等多種生命過程,一直是生物學(xué)研究的重點(diǎn)與熱點(diǎn)。蛋白磷酸化是指在激酶催化作用下把ATP或者GTP的磷酸基團(tuán)(P04)轉(zhuǎn)移到不同種類的氨基酸上(主要包括絲氨酸S、蘇氨酸T、酪氨酸Y),從而使蛋白質(zhì)發(fā)生翻譯后修飾的過程。山東蛋白質(zhì)丙?;揎椊M學(xué)主要方式蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的活性。

蛋白質(zhì)乙?;揎椀墓δ埽耗壳皩σ阴;揎椀墓δ苎芯恐饕性趯?xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控,以及對代謝通路的調(diào)控這兩個方面。在眾多乙?;揎椀牡鞍踪|(zhì)中,研究較多的要數(shù)細(xì)胞核中包圍DNA的組蛋白了。組蛋白和DNA纏繞構(gòu)成核小體,組蛋白的甲基化、乙?;揎椖軌蛘{(diào)節(jié)DNA纏繞的松緊度,從而對基因表達(dá)進(jìn)行調(diào)控,因此,組蛋白的翻譯后修飾是表觀遺傳學(xué)研究中的重要一環(huán)。另外,研究也發(fā)現(xiàn)乙?;揎椘毡榇嬖谟谌说亩喾N代謝酶之中,并且參與調(diào)控代謝通路以及代謝酶的活性。其中在肝臟這樣的代謝中就存在著多種代謝酶被高度乙?;?。

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略:目前,有幾種分析蛋白質(zhì)翻譯后修飾的策略,包括質(zhì)譜(MS)、Eastern blotting、放射性標(biāo)記和Western blotting。放射性標(biāo)記和Western blotting是比較傳統(tǒng)、特異性和相對定量的方法。該過程需要事先知道翻譯后修飾類型。局限性包括抗體的特異性和可用性。質(zhì)譜技術(shù)也常被用于翻譯后修飾分析,不受修飾類型和相關(guān)修飾位點(diǎn)的現(xiàn)有知識的限制。自下而上:自下而上的技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中使用的質(zhì)譜策略之一。在根據(jù)序列鑒定肽之前,需要使用蛋白酶消化蛋白質(zhì)。由于該技術(shù)不能保證在檢測過程中被檢測肽的完整性和穩(wěn)定性,因此無法獲得不同蛋白質(zhì)翻譯后修飾之間關(guān)系的信息,這意味著它無法檢測到某些修飾。因此,該方法不適用于分析組蛋白的組合翻譯后修飾。蛋白質(zhì)糖基化指碳水化合物通過共翻譯或翻譯后修飾的方式附著到蛋白質(zhì)上的過程。

蛋白翻譯后修飾:蛋白質(zhì)氨基酸序列的特定位置可以與化學(xué)基團(tuán)或者小分子量的蛋白共價結(jié)合從而發(fā)生蛋白質(zhì)翻譯后修飾(post-translational modifications,PTMs)。翻譯后修飾是蛋白質(zhì)生物合成的一個步驟,翻譯后多肽鏈在成為成熟的蛋白質(zhì)產(chǎn)品之前要經(jīng)過修飾,PTMs的類型包括磷酸化、乙?;?、糖基化、泛素化和二硫鍵等等,它導(dǎo)致蛋白質(zhì)組復(fù)雜性的大幅增加。對于任何給定的蛋白質(zhì),各種各樣的PTMs提供了一種通過改變蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能來促進(jìn)細(xì)胞快速變化的方法。PTMs在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和周轉(zhuǎn)率、蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)識別和相互作用以及空間定位中起著至關(guān)重要的作用。常見的蛋白質(zhì)翻譯后修飾包括乙?;U憬;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析

蛋白質(zhì)磷酸化修飾怎么定義?上海丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)研究

蛋白質(zhì)翻譯后修飾有什么生物學(xué)意義?可以使蛋白質(zhì)具有生物活性,可以發(fā)揮相應(yīng)的功能。翻譯是蛋白質(zhì)生物合成(基因表達(dá)中的一部分,基因表達(dá)還包括轉(zhuǎn)錄)過程中的第二步(轉(zhuǎn)錄為第1步),翻譯是根據(jù)遺傳密碼的中心法則,將成熟的信使RNA分子(由DNA通過轉(zhuǎn)錄而生成)中“堿基的排列順序”(核苷酸序列)解碼,并生成對應(yīng)的特定氨基酸序列的過程。但也有許多轉(zhuǎn)錄生成的RNA,如轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)和小核RNA(snRNA)等并不被翻譯為氨基酸序列。上海丙?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)研究

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