轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內的完整轉錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。整合轉錄組學和蛋白質組學的表達數據對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。轉錄組學可以直接測定每個轉錄本片段序列。SmalIRNA轉錄組學分析方法
circRNA轉錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結構和3′poly（A）結構，主要位于細胞質或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體（RISC）的催化關鍵，然后導致circRNA降解。根據來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內含子和外顯子組合的EIcircRNA，內含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產生的circRNA。SmalIRNA轉錄組學分析方法轉錄組具有時間特異性的特點。
轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。
轉錄組學測序結果的影響因素？RNA的降解嚴重影響測序的質量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機引物反轉錄無法得到全部的cDNA，導致測序結果出現明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產生干擾，影響測序結果的準確性；同時由于轉錄組中轉錄本的豐度不一致，實驗前需要對樣本進行均一化處理，否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因，導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。
單細胞RNA-seq轉錄組學工作流程：單細胞RNA測序等高通量單細胞轉錄組學技術通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產生可以比對的序列，量化、質量控制(QC)過濾和以不同方式標準化，以實現許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉錄不同的細胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細胞轉錄組學數據的分析通常因精心設計的研究設計而變得復雜，這些設計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設計可以發(fā)現患者共享的轉錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?廣東單細胞轉錄組學應用
轉錄學組測序能夠提供更準確的數字化信號。SmalIRNA轉錄組學分析方法
轉錄組學技術路線及研究意義：轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統的芯片雜交平臺，轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針，即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更準確的數字化信號，更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具?；诟咄繙y序平臺的轉錄組測序技術能夠全方面獲得物種特定組織的轉錄本信息，從而進行基因表達水平研究、新轉錄本發(fā)現研究、轉錄本結構變異研究等。SmalIRNA轉錄組學分析方法
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