轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測(cè)序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會(huì)對(duì)測(cè)序信號(hào)產(chǎn)生干擾，影響測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性；同時(shí)由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實(shí)驗(yàn)前需要對(duì)樣本進(jìn)行均一化處理，否則高豐度的表達(dá)基因會(huì)掩蓋低豐度表達(dá)基因，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定
轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）主要通過高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對(duì)相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測(cè)序成本的下降，RNA-seq的運(yùn)用愈來愈普遍。貴陽外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)費(fèi)用什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：10×genomics技術(shù)：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個(gè)堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個(gè)微珠是對(duì)應(yīng)于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機(jī)序列，也就是說每一個(gè)DNA分子，都有自己的UMI序列（一個(gè)微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量）。10個(gè)堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個(gè)原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實(shí)的SNP位點(diǎn)還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個(gè)細(xì)胞與單個(gè)凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。
單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜，這些設(shè)計(jì)可能包括來自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組具有空間特異性的特點(diǎn)。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成，一鏈合成引入核苷酸類似物，用于酶切打斷，二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭，接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物，用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫后，設(shè)計(jì)特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合，一輪退火延伸，rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點(diǎn)，當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點(diǎn)被識(shí)別，切去接頭，這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭，而其他文庫帶有完整接頭，通過PCR擴(kuò)增富積既能得到想要的信息，包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣，包含分子標(biāo)簽，可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更普遍的檢測(cè)范圍。南京外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析
轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)，提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào)，更高的檢測(cè)通量以及更普遍的檢測(cè)范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具?；诟咄繙y(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。廣州circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定
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