蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱量？不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱量，項(xiàng)目開展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測(cè)定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測(cè)，但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求。常規(guī)定量蛋白組實(shí)驗(yàn)的主要步驟有哪些，數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些？實(shí)驗(yàn)步驟：首先獲得生物學(xué)樣本，然后進(jìn)行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑膠質(zhì)控，還原烷基化，酶解，獲得肽段，（標(biāo)記+分組分），上機(jī)檢測(cè)，搜庫(kù)軟件搜庫(kù)，數(shù)據(jù)分析；數(shù)據(jù)分析：主要分為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析、?級(jí)數(shù)據(jù)分析和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析三個(gè)部分?；A(chǔ)分析主要包括差異表達(dá)蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細(xì)胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。浙江Label free多肽組學(xué)分析方法
LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù))：應(yīng)用：1.需要快速在大量樣本中找到差異表達(dá)的蛋白組合。2.需要在較短時(shí)間以較低成本得到具有提示意義的蛋白表達(dá)數(shù)據(jù)。3.需要檢測(cè)的樣品蛋白含量低。4.需要檢測(cè)相互作用蛋白。技術(shù)特點(diǎn)：1.對(duì)質(zhì)譜儀器設(shè)備要求較高，色譜和質(zhì)譜需要同時(shí)有較好的穩(wěn)定性和重復(fù)性。2.需要有特殊的定量分析軟件。3.對(duì)樣品中蛋白質(zhì)總量要求較低，實(shí)驗(yàn)周期短，實(shí)驗(yàn)費(fèi)用低。4.不需要額外并且昂貴的標(biāo)記試劑，排除了標(biāo)記過(guò)程帶入實(shí)驗(yàn)誤差的風(fēng)險(xiǎn)，同時(shí)也不必考慮標(biāo)記效率的問(wèn)題。北京定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征。
蛋白組究竟研究的是什么呢？第1，蛋白質(zhì)定性，或者說(shuō)大規(guī)模檢測(cè)某些蛋白質(zhì)是否存在于樣品當(dāng)中；第2，蛋白質(zhì)定量，也就是大規(guī)模檢測(cè)某些蛋白質(zhì)的含量（包括一定含量與相對(duì)含量）；第3，蛋白質(zhì)翻譯后修飾，這些修飾主要包括磷酸化，泛素化，糖基化，乙?；鹊?，也包括對(duì)這些翻譯后修飾的定量研究。這三大塊中所提到的大規(guī)模，既可以是樣品數(shù)量的大規(guī)模高通量，也可以是少量樣本中蛋白數(shù)量的大規(guī)模高通量。研究原因：首先，由于翻譯調(diào)控和翻譯后調(diào)控的存在，RNA的表達(dá)量與實(shí)際對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的含量相關(guān)性并不高，就簡(jiǎn)單地測(cè)試了酵母中mRNA和對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的定量相關(guān)性，結(jié)果是，低豐度蛋白與mRNA的相關(guān)性尤其低，而高豐度蛋白和其mRNA的相關(guān)性則高，經(jīng)過(guò)平均后r值只為0.4。
蛋白質(zhì)組學(xué)研究這樣做：蛋白質(zhì)組與基因組相對(duì)應(yīng)，也是一個(gè)整體的概念，隨著基因組學(xué)研究的不斷深入，蛋白質(zhì)組學(xué)已逐漸成為研究熱點(diǎn)，對(duì)蛋白組學(xué)的研究可以使我們更容易接近生命的機(jī)理本質(zhì)，但探究成千上萬(wàn)的蛋白質(zhì)特性也是一個(gè)重大的技術(shù)挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)組（Proteome）指的是某一時(shí)刻或某一狀態(tài)基因組表達(dá)的所有相應(yīng)的蛋白，即細(xì)胞、組織或機(jī)體全部蛋白質(zhì)的存在及活動(dòng)形式，其是一個(gè)動(dòng)態(tài)概念，它是在組織、細(xì)胞的整體蛋白質(zhì)水平上，探索蛋白質(zhì)作用模式、功能機(jī)理、調(diào)節(jié)控制以及蛋白質(zhì)群體內(nèi)的相互關(guān)系、從而獲得生命活動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全方面而深入的認(rèn)識(shí)，以揭示生命活動(dòng)的基本規(guī)律。蛋白質(zhì)組學(xué)是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。
定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法學(xué)介紹：Label-free：Label-free定量，即非標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué)，不需要對(duì)比較樣本做特定標(biāo)記處理，只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號(hào)便可得到樣品間蛋白表達(dá)量的變化，通常用于分析大規(guī)模蛋白鑒定和定量時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。Label-free定量不需要標(biāo)記處理，操作簡(jiǎn)單，可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量，但對(duì)實(shí)驗(yàn)操作的穩(wěn)定性、重復(fù)性要求較高，準(zhǔn)確性也較標(biāo)記定量差。因此，Label-free技術(shù)適合于大樣本量的定量比較，以及對(duì)無(wú)法用標(biāo)記定量實(shí)現(xiàn)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。iTRAQ定量是目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用比較普遍的技術(shù)。南京新型修飾蛋白組學(xué)研究?jī)?nèi)容
定量蛋白質(zhì)組學(xué)是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容。浙江Label free多肽組學(xué)分析方法
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)：等電聚焦：等電聚焦（isoelectricfocusing，IEF）是一種利用有pH梯度的介質(zhì)分離等電點(diǎn)不同的蛋白質(zhì)的電泳技術(shù)。等電聚焦凝膠電泳依據(jù)蛋白質(zhì)分子的靜電荷或等電點(diǎn)進(jìn)行分離，等電聚焦中，蛋白質(zhì)分子在含有載體兩性電解質(zhì)形成的一個(gè)連續(xù)而穩(wěn)定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質(zhì)是脂肪族多氨基多羧酸，在電場(chǎng)中形成正極為酸性，負(fù)極為堿性的連續(xù)的pH梯度。蛋白質(zhì)分子在偏離其等電點(diǎn)的pH條件下帶有電荷，因此可以在電場(chǎng)中移動(dòng)；當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)遷移至其等電點(diǎn)位置時(shí)，其靜電荷數(shù)為零，在電場(chǎng)中不再移動(dòng)，據(jù)此將蛋白質(zhì)分離。浙江Label free多肽組學(xué)分析方法
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