TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學方法

定量蛋白質組學技術：定量蛋白質組學技術主要分為標記（label）和非標記（labelfree）定量策略，標記策略又分為體內標記和體外標記兩種。細胞內蛋白質組豐度的動態(tài)變化對各種生命過程有重要影響。例如在許多疾病的發(fā)生和發(fā)展進程中，常常伴隨著某些蛋白質的表達異常。定量蛋白質組學就是把一個基因組表達的全部蛋白質或一個復雜的混合體系中所有的蛋白質進行精確的定量和鑒定。非標記（labelfree）的定量蛋白組學技術，Labelfree定量蛋白組學技術是通過液質聯(lián)用技術對蛋白質酶解肽段進行質譜分析，無需使用昂貴的穩(wěn)定同位素標簽做內部標準，只需分析大規(guī)模鑒定蛋白質時所產(chǎn)生的質譜數(shù)據(jù)，比較不同樣品中相應肽段的信號強度，從而對肽段對應的蛋白質進行相對定量。蛋白質組學在醫(yī)療和健康方面有什么應用？TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學方法

LabelFree(非標記蛋白質組學技術)：應用：1.需要快速在大量樣本中找到差異表達的蛋白組合。2.需要在較短時間以較低成本得到具有提示意義的蛋白表達數(shù)據(jù)。3.需要檢測的樣品蛋白含量低。4.需要檢測相互作用蛋白。技術特點：1.對質譜儀器設備要求較高，色譜和質譜需要同時有較好的穩(wěn)定性和重復性。2.需要有特殊的定量分析軟件。3.對樣品中蛋白質總量要求較低，實驗周期短，實驗費用低。4.不需要額外并且昂貴的標記試劑，排除了標記過程帶入實驗誤差的風險，同時也不必考慮標記效率的問題。上海PRM定量蛋白質組學方法定量蛋白質組學技術主要分為標記（label）和非標記（label free）定量策略。

蛋白質組學主要以全蛋白組（組織、細胞）、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象，通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析，揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關系。蛋白質組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。常用技術：非靶向蛋白組學：蛋白質定性（膠條鑒定和溶液鑒定），高通量定量蛋白組（Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量），多肽組學。

蛋白質組學在生物學領域的研究中的應用是怎樣的？研究對象涉及到生物體且生物體內表達蛋白，理論上都可以應用蛋白質組學。蛋白質組學是以研究生物體蛋白組成及其變化規(guī)律為目的的應用科學。主要使用的儀器為液質聯(lián)用高分辨率質譜儀。詳細來說，蛋白質組學包含許多分支：非標定量蛋白質組學（定性研究生物體的蛋白組成），定量蛋白質組學（對生物體蛋白表達含量進行測定），修飾蛋白質組學（對蛋白質翻譯后修飾進行檢測）及相互作用蛋白質組研究（蛋白質直接相互作用機制解析）等。蛋白質組學屬于后基因組時代的科學研究，針對基因表達產(chǎn)物進行檢測與定量。因此更能反應出生物體生理條件下的水平與狀態(tài)。蛋白質組學包括翻譯后的修飾。

蛋白質組學技術：蛋白質組學技術的發(fā)展已經(jīng)成為現(xiàn)代的生物技術快速發(fā)展的重要支撐，并將帶領生物技術取得關鍵性的突破。為幫助生命科學領域的工作者全方面掌握蛋白質組學的技術與方法、實驗難點與關鍵點、研究前沿與熱點，包括雙向凝膠電泳、等電聚焦、生物質譜分析及非凝膠技術。雙向凝膠電泳：雙向凝膠電泳的原理是第1向基于蛋白質的等電點不同用等電聚焦分離，第二向則按分子量的不同用SDS-PAGE分離，把復雜蛋白混合物中的蛋白質在二維平面上分開。由于雙向電泳技術在蛋白質組與醫(yī)學研究中所處的重要位置，它可用于蛋白質轉錄及轉錄后修飾研究，蛋白質組的比較和蛋白質間的相互作用，細胞分化凋亡研究，致病機制及耐藥機制的研究，療效監(jiān)測，新藥開發(fā)，病癥研究，蛋白純度檢查，小量蛋白純化，新替代疫苗的研制等許多方面。近年來經(jīng)過多方面改進已成為研究蛋白質組的比較有使用價值的關鍵方法。蛋白質組學的研究是生命科學進入后基因時代的特征。上海PRM定量蛋白質組學方法

蛋白質組的研究能為生命活動規(guī)律提供物質基礎。TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學方法

常規(guī)蛋白質組學：Labelfree多肽組學：顧名思義，就是不使用任何標記方法，直接對肽段進行質譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測，所以會丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學：TMT全稱是TandemMassTag，是經(jīng)典化學標記試劑，普遍用于差異表達蛋白質組分析研究中。該技術采用6重、10重或16重同位素標簽，與肽段的氨基發(fā)生共價結合反應，可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質的定性和定量分析。（目前16標鹿明生物可提供技術服務）。TMT／iTRAQ標記定量蛋白質組學方法

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