貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。優(yōu)勢(shì)：高通量、更精確的數(shù)字信號(hào)；在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向：植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；表達(dá)差異的研究；基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：在早期，由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)、RNA測(cè)序技術(shù)其中，Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來(lái)的先驅(qū)技術(shù)，SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測(cè)序條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有助于了解特定生命過(guò)程中相關(guān)基因的整體表達(dá)情況，進(jìn)而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過(guò)程的代謝網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機(jī)理。浙江全轉(zhuǎn)錄學(xué)組質(zhì)譜鑒定轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更高的檢測(cè)通量。

全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制，因此在進(jìn)行測(cè)序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān)，因此，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù)？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù)，然后分別上機(jī)測(cè)序。小RNA長(zhǎng)度較短，一般小于50nt，采用測(cè)序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達(dá)幾萬(wàn)，通過(guò)片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù)。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測(cè)序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過(guò)程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因；3、不同的外界條件處理，如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對(duì)基因表達(dá)的影響；4、同一個(gè)體，不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序樣品純度要求，電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。浙江SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對(duì)的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段，在通過(guò)質(zhì)量反推蛋白序列，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測(cè)序。芯片是用已知的基因探針，測(cè)序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?；蚪M學(xué)研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測(cè)序?yàn)橹?，將基因組拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。貴州單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)服務(wù)

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