全長轉錄組學測序：由于在轉錄組研究中通常所使用的第二代測序技術具有測序讀長的限制，因此在進行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉錄本，這就會造成一定的錯誤比例，同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準確定位融合基因。研究思路：由于全長轉錄組測序是基于第三代測序技術，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉錄組，通常來說很難承擔，因此，全長轉錄組測序一般與普通轉錄組測序相結合。轉錄學組測序是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。北京外泌體轉錄組學方法
普通轉錄組學測序適用于哪些情況？普通轉錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉錄組學測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉錄組測序也不例外，至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設計和控制，盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結果的影響。轉錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉錄組測序只能測到mRNA。但是全轉錄組測序通過構建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。濟南靶向轉錄組學分析鑒定RNA-Seq轉錄組學有著巨大的應用前景。
轉錄組學，基因組學，蛋白質組學的區(qū)別：蛋白組學針對的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段，在通過質量反推蛋白序列，之后進行搜索，標識已知未知的蛋白序列。轉錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測序。芯片是用已知的基因探針，測序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA?；蚪M學研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測序為主，將基因組拆成小片段后再用生物信息學算法進行迭代組裝。當然這只是第1步，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。
轉錄組分析是目前應用比較廣的高通量測序分析技術之一。常見設計是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉錄本，并進行結果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡分析等。轉錄組的測序分析也相對成熟，從RNA提取、構建文庫、上機測序再到結果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉錄組的分析流程比較簡單，序列比對-轉錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測序學習比較合適的技術之一。轉錄學組測序能夠提供更高的檢測通量。
轉錄組學測序結果的影響因素？RNA的降解嚴重影響測序的質量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機引物反轉錄無法得到全部的cDNA，導致測序結果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產生干擾，影響測序結果的準確性；同時由于轉錄組中轉錄本的豐度不一致，實驗前需要對樣本進行均一化處理，否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因，導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。轉錄組學能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉錄本。濟南靶向轉錄組學分析鑒定
轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉錄本和稀有轉錄本。北京外泌體轉錄組學方法
RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢：相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法，RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比，RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況，還可以揭示未知的轉錄組和拼接亞型，并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺，轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針，即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究復雜性轉錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢，RNA-Seq很快就被應用到關于瘤病相關研究的多個方面。北京外泌體轉錄組學方法
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