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轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq):轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq)主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量,進(jìn)而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片,不過由于高通量測序成本的下降,RNA-seq的運(yùn)用愈來愈普遍。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)路線及研究意義:轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測,提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號,更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具?;诟咄繙y序平臺的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息,從而進(jìn)行基因表達(dá)水平研究、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)研究、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異研究等。杭州轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制:circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為:依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上,通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點連接到上游的3′受體的位點,索尾插接形成環(huán)化,然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列,首先在剪切位點上并排形成RNA雙鏈體,再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA。或者外顯子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競爭進(jìn)行RNA配對,然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。
普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發(fā)育過程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序必須做生物學(xué)重復(fù)么?需要幾個重復(fù)?生物學(xué)重復(fù)是生物實驗所必須的,轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時,通過對實驗的預(yù)先設(shè)計和控制,盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平,減少批次效應(yīng)對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫(一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫)是可以測到以上4種RNA的。轉(zhuǎn)錄組具有組織特異性的特點。
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué):是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly(A)結(jié)構(gòu),主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)的催化關(guān)鍵,然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列。北京靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究內(nèi)容
轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):Anydeplete技術(shù)首先通過隨機(jī)引物進(jìn)行一鏈合成,一鏈合成引入核苷酸類似物,用于酶切打斷,二鏈合成同樣引入核苷酸類似物用于保證鏈特異性。然后兩端加上接頭,接頭一條鏈也帶有核苷酸類似物,用于酶切降解。當(dāng)形成單鏈文庫后,設(shè)計特異性引物與rRNA形成文庫結(jié)合,一輪退火延伸,rRNA文庫形成雙鏈結(jié)構(gòu)。Reverseadaptor上帶有特異的酶切位點,當(dāng)形成雙鏈結(jié)構(gòu)酶切位點被識別,切去接頭,這樣rRNA形成的文庫不帶有完整的接頭,而其他文庫帶有完整接頭,通過PCR擴(kuò)增富積既能得到想要的信息,包含mRNA及LncRNA信息。同樣Anydeplete技術(shù)與10×genomics技術(shù)一樣,包含分子標(biāo)簽,可分析duplication及PCR產(chǎn)生突變位點。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)
上海拜譜生物科技有限公司總部位于東川路555號丙樓1171室,是一家從事生物科技、醫(yī)療科技、化工科技和檢測科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),技術(shù)轉(zhuǎn)讓,技術(shù)咨詢,技術(shù)服務(wù),軟件開發(fā),化工原料及產(chǎn)品(除危險化學(xué)品,監(jiān)控化學(xué)品,煙花爆竹,民用物,易制毒化學(xué)品)、儀器儀表的銷售。。。....的公司。拜譜生物深耕行業(yè)多年,始終以客戶的需求為向?qū)?,為客戶提?**的多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)。拜譜生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。拜譜生物始終關(guān)注自身,在風(fēng)云變化的時代,對自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使拜譜生物在行業(yè)的從容而自信。