江蘇定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-02-16

PRM靶向蛋白組學(xué):PRM技術(shù)是一種根據(jù)已知實(shí)測(cè)信息或質(zhì)譜檢測(cè)規(guī)律的假定信息對(duì)樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行靶向定量的技術(shù)。該技術(shù)主要應(yīng)用儀器為QExactive系列質(zhì)譜儀,首先以四極桿作為質(zhì)量過(guò)濾器,特異性地選擇與預(yù)先設(shè)定質(zhì)荷比相同的肽段離子(母離子)通過(guò),隨后在高能碰撞池中碎裂母離子,之后通過(guò)Orbitrap分析碎片離子(子離子)得到肽段的二級(jí)質(zhì)譜信息。四極桿的高選擇性離子過(guò)濾與Orbitrap高分辨率測(cè)量技術(shù)的結(jié)合使得PRM技術(shù)有很高的特異性,并且有效的降低了背景噪音,去除了干擾離子,提高了靈敏度。在確保數(shù)據(jù)質(zhì)量的前提下,為了在一次分析中檢測(cè)更多的蛋白質(zhì),可用預(yù)置PRM(ScheduledPRM,sPRM)的方法,這種方法需要知道每個(gè)肽段的保留時(shí)間信息,使得每個(gè)肽段只在其洗脫時(shí)間窗口內(nèi)執(zhí)行PRM檢測(cè),很大程度上提高了檢測(cè)效率,可同時(shí)檢測(cè)上百種蛋白質(zhì)。PRM技術(shù)是目前應(yīng)用較普遍的質(zhì)譜蛋白質(zhì)靶向定量技術(shù)。蛋白質(zhì)組學(xué)在生物學(xué)領(lǐng)域的研究中的應(yīng)用是怎樣的?江蘇定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展趨勢(shì):技術(shù)發(fā)展方面:蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存,各有優(yōu)勢(shì)和的特點(diǎn),而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發(fā)展新方法外,更強(qiáng)調(diào)各種方法間的整合和互補(bǔ),以適應(yīng)不同蛋白質(zhì)的不同特征。另外,蛋白質(zhì)組學(xué)與其它學(xué)科的交叉也將日益明顯和重要,這種交叉是新技術(shù)新方法的活水之源,特別是,蛋白質(zhì)組學(xué)與其它大規(guī)??茖W(xué)如基因組學(xué),生物信息學(xué)等領(lǐng)域的交叉,構(gòu)成組學(xué)(omics)生物技術(shù)研究方法,所呈現(xiàn)出的系統(tǒng)生物學(xué)(SystemBiology)研究模式,將成為未來(lái)生命科學(xué)比較令人激動(dòng)的新前沿。湖北4D定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。

定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):TMT定量蛋白組學(xué)技術(shù):TMT(TandemMassTags)定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)多肽體外標(biāo)記定量技術(shù)。這種技術(shù)采用多個(gè)(2-10)穩(wěn)定同位素標(biāo)簽,特異性標(biāo)記多肽的氨基基團(tuán)進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析,能夠同時(shí)比較多達(dá)10種不同樣本中蛋白質(zhì)的相對(duì)含量,可用于研究不同病理?xiàng)l件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質(zhì)表達(dá)水平的差異。iTRAQ定量蛋白組學(xué)技術(shù)是多肽體外標(biāo)記定量技術(shù)。這種技術(shù)同TMT定量蛋白組學(xué)技術(shù)相似,可研究不同病理?xiàng)l件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質(zhì)表達(dá)水平的差異。

蛋白組學(xué)技術(shù):質(zhì)譜技術(shù)相較于傳統(tǒng)蛋白質(zhì)鑒定技術(shù)而言,擁有靈敏、準(zhǔn)確、高通量、自動(dòng)化等特點(diǎn)。質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)的基本原理是先將樣品分子離子化,然后根據(jù)不同離子之間的質(zhì)荷比差異來(lái)分離并確定蛋白質(zhì)的相對(duì)分子質(zhì)量。根據(jù)蛋白質(zhì)酶解后所得到的肽質(zhì)量指紋圖譜、肽序列標(biāo)簽、和肽階梯序列去檢索蛋白質(zhì)或核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù),質(zhì)譜技術(shù)可達(dá)到對(duì)蛋白質(zhì)的快速鑒定和高通量篩選。因產(chǎn)生離子的方法不同而發(fā)展起來(lái)的質(zhì)譜包括基質(zhì)輔助激光解吸離子化質(zhì)譜、電噴霧離子化質(zhì)譜、表面增強(qiáng)激光解吸離子化質(zhì)譜等。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有等電聚焦。

蛋白質(zhì)組學(xué):質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學(xué)的基本原理主要是通過(guò)測(cè)定被測(cè)樣品離子的理化性質(zhì)來(lái)進(jìn)行分析,根據(jù)樣品的質(zhì)量譜圖和相關(guān)信息從而得到定性和定量結(jié)果。目前,蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時(shí)間(retentiontime)、質(zhì)荷比(m/z)、離子強(qiáng)度(intensity)這三個(gè)維度對(duì)肽蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量,即3D蛋白質(zhì)組學(xué)。4D蛋白質(zhì)組學(xué)在3D蛋白質(zhì)組學(xué)的基礎(chǔ)之上增加了第四維度,離子淌度(mobility),主要根據(jù)離子的形狀和截面對(duì)離子進(jìn)行分離,能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段,使低豐度蛋白信號(hào)能夠被區(qū)分和識(shí)別出來(lái)。4D蛋白質(zhì)組學(xué)基于timsTOFPro質(zhì)譜儀,結(jié)合PASEF(ParallelAccumulationSerialFragmentation,同步累積連續(xù)碎裂)與TIMS(TrappedIonMobilitySpectrometry,離子遷移譜),可重復(fù)測(cè)量所有檢測(cè)離子的碰撞截面(CCS),能更快、更靈敏的進(jìn)行蛋白質(zhì)組定性和定量。蛋白質(zhì)組學(xué)研究不僅是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類健康事業(yè)帶來(lái)巨大的利益。杭州常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程

蛋白質(zhì)組與基因組相對(duì)應(yīng),也是一個(gè)整體的概念。江蘇定量乙酰化蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)

定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法學(xué)介紹:Label-free:Label-free定量,即非標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué),不需要對(duì)比較樣本做特定標(biāo)記處理,只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號(hào)便可得到樣品間蛋白表達(dá)量的變化,通常用于分析大規(guī)模蛋白鑒定和定量時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。Label-free定量不需要標(biāo)記處理,操作簡(jiǎn)單,可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量,但對(duì)實(shí)驗(yàn)操作的穩(wěn)定性、重復(fù)性要求較高,準(zhǔn)確性也較標(biāo)記定量差。因此,Label-free技術(shù)適合于大樣本量的定量比較,以及對(duì)無(wú)法用標(biāo)記定量實(shí)現(xiàn)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。江蘇定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

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