單細胞轉錄組學研究

來源: 發(fā)布時間:2022-02-10

轉錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內所有轉錄產物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和。單細胞轉錄組學研究

RNA-seq轉錄組學:也被稱為整個轉錄組鳥測序(wts)。RNA-seq包含三個步驟:測序文庫的建立,在特定平臺中測序和生物信息學分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術的新的轉錄分析方法。采用NGS技術對從感興趣的RNA樣本序列反轉錄得到的cDNA進行測序。簡而言之,就是對剪切變體、轉錄后RNA編輯、內含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對基因組測序和分析研究的同時,復雜的轉錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術平臺分析轉錄組的結構和表達水平情況,更能挖掘未知轉錄本和稀有轉錄本信息,精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),進一步解析復雜的轉錄組信息。南京外泌體microRNA轉錄組學研究轉錄組學測序必須做生物學重復么?

轉錄組學:隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學的研究進入了后基因組時代,各類組學技術得到迅速地發(fā)展與普遍地應用包括以基因為研究對象的基因組學(Genomics)、以轉錄過程為研究對象的轉錄組學(Transcriptomics)。意義:1.轉錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據此推斷相應未知基因的功能,揭示特定調節(jié)基因的作用機制.2.通過基于基因表達譜的分子標簽,不只可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3.轉錄組的研究應用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應等。

單細胞轉錄組學基本概念:普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組。普通轉錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA,獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA,然后建庫測序,獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性,且存在異質性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞,尤其是當我們對整個組織進行測序時,它們本身就是由不同類型的細胞組成的,而我們用普通轉錄組來測序,相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異,展示的是整個組織的平均的狀態(tài),所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測,不是用一堆細胞測。轉錄組學分析轉錄本的結構和表達水平的同時,還能發(fā)現未知轉錄本和稀有轉錄本。

轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉錄組學測序具有以下優(yōu)勢:(1)可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度,同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題;(2)靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本;(3)可以對任意物種進行全基因組分析,無需預先設計特異性探針,因此無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉錄組分析,同時能夠檢測未知基因,發(fā)現新的轉錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測范圍廣,高于6個數量級的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。轉錄學組測序能夠提供更高的檢測通量。單細胞轉錄組學研究

轉錄組具有時間特異性的特點。單細胞轉錄組學研究

circRNA轉錄組學生物學功能:circRNA主要存在于細胞質或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年,大量的研究表明circRNA在生物的生長發(fā)育、脅迫應答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關,并預測其在疾病診斷標記物等方面的應用前景,但其生物學功能在很大程度上仍然未知。目前認可度比較高的circRNA生物學功能。miRNAsponge。circRNA富含miRNA結合位點來充當miRNA海綿作用,阻止miRNA在3′非翻譯區(qū)與mRNA相互作用,進而間接調控miRNA下游靶基因的表達。單細胞轉錄組學研究

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